Urodził się w Białej Krakowskiej, był synem nauczyciela Tytusa Zegadłowicza i Elżbiety Kaiszarówny. Dzieciństwo spędził w Gorzeniu Górnym niedaleko Wadowic, gdzie jego ojciec miał dwór letniskowy. Uczęszczał do gimnazjum w Wadowicach, ukończył je w 1906. Studiował polonistykę, germanistykę i historię sztuki na UJ, a następnie w Wiedniu i w Dreźnie. W latach 1919–1921 pracował w Ministerstwie Kultury i Sztuki, gdzie był urzędnikiem Wydziału Literatury. W latach 1929–1931 mieszkał w Poznaniu, pracując jako kierownik literacki Teatru Polskiego, doradca Księgarni św. Wojciecha, redaktor czasopism. W 1932 wrócił do Gorzenia. Pracował wówczas w teatrze katowickim i wykładał historię sztuki w konserwatorium w Katowicach. W 1936 nawiązał współpracę z jednolitofrontowym „Dziennikiem Popularnym”.
27 lipca 1915 poślubił Marię Kurowską, ze związku tego urodziły się dwie córki Halszka (1916-1966) i Atessa (1920-2013).
Zmarł w Sosnowcu w wieku 52 lat. Pochowany jest na cmentarzu parafii św. Tomasza na pograniczu Pogoni i Małobądza (w granicach Będzina).
Zadebiutował w 1908. W 1921 wszedł do redakcji czasopisma „Ponowa”. W tym samym roku wraz z Edwardem Kozikowskim założył w Gorzeniu Górnym grupę poetycką „Czartak” (działała do 1929 r.) i zainicjował wydawanie czasopisma „Czartak”. W 1928 był współzałożycielem kabaretu Ździebko w Poznaniu.
Pisał poezje, organizował spotkania artystów, gromadził wiele artystycznych dzieł. Dał się poznać jako znakomity (choć także mocno krytykowany) tłumacz z języka niemieckiego (Faust Goethego). Był odkrywcą swoistego fenomenu rzeźbiarstwa ludowego – świątkarza Jędrzeja Wowry.
W 1930 został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski (1930),a w 1935 – Złotym Wawrzynem Akademickim Polskiej Akademii Literatury. W 1933 z okazji dwudziestopięciolecia twórczości otrzymał honorowe obywatelstwo Wadowic. Po wydaniu powieści pt. Zmory, w której przedstawione zostały Wadowice w czasie sprzed I wojny światowej, na początku lutego 1936 Rada Miejska odebrała Zegadłowiczowi honorowe obywatelstwo miasta oraz przywróciła ulicy jego imienia poprzednią nazwę (Tatrzańska).
To bardzo ważna powieść, która pokazuje jak błędne wychowanie seksualne (a raczej jego brak) potrafi zaszkodzić dziecku. Historia Mikołaja to historia stopniowego uświadamiania sobie seksualności ciała poprzez język: wtajemniczenia przez starszych chłopców z klasy, bezmyślnych sentencji krewnych, nauczania księdza, obiegowych maksym, które retrospektywnie naznaczają obszary, nie posiadające pierwotnie znaczenia (np. grzech masturbacji). Lekcja „cudzego” języka prowadzi wielokrotnie do humoru sytuacyjnego, gdy nowe słownictwo przyjmowane jest bez wiedzy o jego znaczeniu, ale też prowadzi do zwyrodnień. http://www.porno-grafia.pl/zmory-emila-zegadlowicza/
Pamiętnik okresu dojrzewania w czasach, które dzisiaj określilibyśmy mianem "historyczne". W ciągu stu lat, które dzielą czas, w którym Zegadłowicz napisał "Zmory" od współczesności, zmieniło się w świecie wszystko z wyjątkiem jednego... problemów okresu dojrzewania... Czytałem tę książkę w czasach licealnych z wypiekami na twarzy. Gdybym czytał ją dzisiaj, pewnie wypieków bym już nie miał, ale to, że je miałem i to, że do dzisiaj pamiętam, że je miałem, świadczy o tym, że warto było tę książkę przeczytać...