Mimo śmierci Imperatora nadal toczy się krwawa walka o władzę nad galaktyką. Korzystając z pomocy Mistrza Jedi C'Baotha, wielki admirał Thrawn przejmuje kontrolę nad słynną Flotą Katańską. Szala zwycięstwa przechyla się na stronę Imperium. Politycy i senatorowie Nowej Republiki zaprzestają sporów, by zwrócić się przeciwko wspólnemu wrogowi, wielkiemu admirałowi Thrawnowi.

Wkrótce się okazuje, że oprócz Floty Katańskiej admirał Thrawn opanował także nowe techniki klonowania. Dysponując nieograniczoną liczbą klonów, zamierza znacznie powiększyć liczebność swojej armii. Imperium może stać się jeszcze większym zagrożeniem niż kiedykolwiek do tej pory.

Luke Skywalker wymyka się z rąk C'Baotha i wyrusza na poszukiwania klonujących cylindrów. Mimo ucieczki Skywalkera Mistrz C'Baoth nie rezygnuje z prób pochwycenia jego siostry, Leii Organy Solo. Liczy na to, że ona i jej nienarodzone dzieci umożliwią mu przejęcie władzy nad Imperium. Okazuje się jednak, że Thrawn ma względem C'Baotha inne plany...