"Biała blizna"
Skoro Misato dogadała się z Shinjim obydwoje mogą wracać do domu. Jednak zarówno Toji musi mu wytłumaczyć pewne kwestie dla porządku. Uważa że jego poprzednie uwagi dotyczące Shijego były zdecydowanie przesadzone i, że dla zachowania równowagi teraz on powinien zostać obity. Aida uważa to za kompromitację siebie i Tojiego, ale nie wtrąca się do dyskusji. Shinji jednak nie ma zamiaru bić kolegi i tłumaczy mu, że wygodniej dla niego będzie jak sam wybierze porę i miejsce zemsty. Idąc chodnikami Geo Frontu Misato nabija się z Shinjego, ale kończy kiedy wpadają na Rei Ayanami. Domyśla się ona, że zdecydował się on wrócić, ale ma mu za złe, że odebrał jej prawo do pilotowania obydwu Evangelionów. Misato tłumaczy Shinjemu, że Rei jest introwertyczną i nie należy po niej oczekiwać wylewności. W trakcie badań nad Shamshelem Ritsuko uważa, że Shinji nie spełnij jej oczekiwań. Te uwagi nie cieszą specjalnie Misato, która pyta jak idą badania. Wychodzi na jaw, że Shamshel był człowiekiem w takim samym stopniu jak Evangelion - niemal w stu procentach. Shinji nie jest z siebie specjalnie zadowolony kiedy zauważa, że znowu chowa się przed ojcem. Zauważa, że ojciec nie ma założonych rękawiczek, dzięki czemu widzi oparzenia. Misato wypytuje o to Ritsuko. Okazuje się, że przed przybyciem Shijego w trakcie prób Rei straciła panowanie nad Numerem Zerowym (Eva-00) i trzeba ją było katapultować. Ze względów bezpieczeństwa Evę oblano bakelitem, ale Gendou gołymi rękami otworzył rozgrzany Entry Plug i dostał się do rannej Rei. Ta stwierdziła, że nic jej się nie stało - ważniejsze jest wykonanie zadania.

"Zniekształcony pokój"
Na wf-ie Shinji myśli o tym czego dowiedział się o Rei, a raczej o tym, czego o niej nie wiadomo. Chłopcy chwilowo siedzą ponieważ dziewczyny pływają. Shinji kompromituje Tojiego na ich oczach i zauważa zupełny brak reakcji u Rei na kawał. Toji z chęcią zbiłby przyjaciela, ale ten mówi, żeby sobie dał spokój. W trakcie przygotowań do kolejnych testów Gendou wypytuje Rei o zdrowie i samopoczucie. Jest spokojna o przyszłość, ale Shinji zazdrości jej miejsca w sercu ojca. Myśli o niej cały czas, także w domu. Otrzymał on w miarę ludzki posiłek, jednak Pen Pen nie został tym razem dopieszczony i dostał tylko piwo. Rozmyślania Shinjego przerywa wyjście Misato, która nawet dla pingwina stanowi wspaniały widok, ale która chyba tylko ze względu na chłopaka nie wyszła w samym ręczniku na ramionach. Przy okazji daje mu przepustkę do kontroli i prosi o przekazanie drugiej Rei. Shinji ma co do tego ogromne wątpliwości, zaś Misato wyciąga pośpiesznie niewygodne dla niego wnioski. Następnego dnia Shinji orientuje się, że Rei mieszka sama; dzwonek do drzwi nie działa... Jedynie w pokoju jest porządek. Shinji zauważa okulary, które do wypadku należały do ojca. Po chwili Rei wychodzi w ręczniku z łazienki. Intruzowi pamiątka po "ojcu" wypada z rąk i trzeba je schować do pudełka. I dało by się to zrobić, gdyby nie chciał on wyjść zupełnie po omacku i jej nie przewrócił. Cały czas jest roztrzęsiony i nie bez trudności przypomina sobie po co tak naprawdę przyszedł. Po wyjściu Shinji jest z siebie zdecydowanie niezadowolony...