"Zagubione trzecie dziecko"
Misato zdecydowanie się nie podoba niesubordynacja Shinjiego w trakcie walki z Shamshelem i idzie się z nim rozmówić. Stwierdza, że zachował się bardzo nie w porządku i, że byłoby dobrze gdyby pomyślał trochę w trakcie walki. Jednak całą dyskusja utwierdza Shinjiego w przekonaniu, że jest mięsem armatnim. Ostatecznie nie wraca do domu o czym Misato mówi Ritsuko. Ta zauważa, że Misato miała w tym wszystkim jakiś udział i, że trzeba zawiadomić o tym przełożonych. W szkole Toji udaje, że nie martwi się o Shinjego jednak Sazuhara prawie natychmiast zgaduje o co mu tak naprawdę chodzi. Radzi, żeby zapytał się Rei... która orientuje się, że o niej mówią. Misato zdecydowanie nie może znaleźć sobie miejsca w domu i jest bardzo zatroskana ucieczką Shinjego. On sam zaczyna zdawać sobie sprawę z tego, że ucieczka nie była najlepszym posunięciem i trafia na namiot. Okazuje się, że należy on do Sazuhary, który będąc otaku militariów bawi się w żołnierza. Dyskusja przebiega spokojnie i zostaje przerwana przez służby wewnętrzne Nerv'u. Shinji siedząc w jednym z pokoi kwatery głównej dochodzi do gorzkiego wniosku, że GeoFront zawszę już będzie tym miejscem, do którego będzie trafiać. Ma również pewne wyobrażenia na temat spotkania z Miasto... które zdecydowanie nie przystają do rzeczywistości. Misato prosi go żeby się zdecydował czy chce być pilotem czy nie. Shinji stwierdza, że o tą funkcję nikogo nie prosił i, że sytuacja nie uległa zmianie. Misato stwierdza, że skoro sytuacja wygląda tak a nie inaczej to cieszy się z faktu, że go poznała, ale niestety ma wracać do swojej poprzedniej rodziny... I zdecydowanie nie jest zadowolona z podjętej decyzji.

"Kształt łagodności"
Ritsuko informuje Komendanta o rezygnacji Shinjiego. Gendou nie jest tym specjalnie zaskoczony, ale martwi się brakiem Czwartego Dziecka. Ritsuko stwierdza, że w najgorszym przypadku podda się Shinjiego praniu mózgu i sprawa będzie załatwiona. Toji uważa, że Sazuhara mógł coś zrobić w sprawie kolegi... Ostatecznie nakazuje sprawdzenie sytuacji u Misato. W międzyczasie Ritsuko odbywa ostatnie spotkanie z Shinjim przypominając sobie przy okazji, że należy do organizacji wojskowej. W domu Misato jak tylko może stara się przekonać, że postąpiła prawidłowo. W drzwiach spotyka obydwu kolegów Shinjiego, którzy właśnie przyszli i zazdroszczą mu takiej przełożonej. Sazuhara dzieli się swoimi wnioskami na temat ostatniego zachowania Shijiego... a Misato zaczyna zdawać sobie sprawę z tego kim mogła się dla niego stać. Ponieważ jest jeszcze trochę czasu decyduje się pożegnać z Shinjim. Aida i Toji trochę żałują, że nie wzięła ich ze sobą. Na peronie Misato dogania swego byłego przełożonego i odsyła ochronę. Zdobywa się w końcu na szczerość wobec Shinjego i pyta się go czy wie dlaczego przygarnęła Pen Pena? Stwierdza, że zrobiła to z samotności, a to, że pozwoliła zamieszkać Shinjemu nie płynęło ze współczucia czy litości... On sam odnajduję w końcu kogoś kogo interesuje jego własne zdanie... Toji z Aidą przyjeżdżają w końcu taksówką na peron i ze smutkiem stwierdzają, że spóźnili się na pożegnanie bo pociąg właśnie odjechał. Kiedy przejeżdża okazuje się, że Misato przytula Shinjiego - co Toji z jakiś powodów uznaje za nieprzyzwoite - i zaprasza go z powrotem do domu.