Liczne dary, które posiadał ojciec Pio, takie jak zdolność bilokacji, cudowny zapach, przepowiadanie zdarzeń przyszłych, czytanie w sercach, uzdrawianie ludzi chorych na ciele lub na duszy, rozumienie języków obcych, jak i liczne inne charyzmaty plasują go pośród najbardziej niezwykłych świętych w liczącej dwa tysiące lat historii Kościoła. Dla osób wierzących te charyzmaty ojca Pio nie są jakąś sensacją czy nieprawdopodobną opowieścią. Czyż sam Jezus nie zapewnił, że Jego uczniowie „będą czynili większe rzeczy” (J 14, 12) niż te, których On sam dokonywał?

Można łatwo dojść do przekonania, że żyjemy w apokaliptycznych czasach, skoro Pan zesłał nam tak wielkiego świętego, jak ten ksiądz-stygmatyk, który utożsamiając się z ukrzyżowanym Zbawicielem sprawił, że Chrystus ożył dla naszego, pozbawionego wiary, pokolenia. Widoczne u ojca Pio przeżywanie Męki naszego Pana, szczególnie podczas Ofiary Mszy Świętej, przyciągało do San Giovanni Rotondo setki tysięcy ludzi. Jego olbrzymia, sięgająca na cały świat popularność, przekształcenie ubożuchnego, prowincjonalnego włoskiego miasteczka w przyciągający uwagę milionów ludzi, kwitnący ośrodek aktywności religijnej i cel pielgrzymek, wybudowanie na skalistym górskim zboczu nowoczesnego, wspaniale wyposażonego, tysiącsześćsetłóżkowego kompleksu szpitalnego dla ubogich, oferującego najnowocześniejsze metody leczenia – wszystko to są rzeczy, które z czysto ludzkiego punktu widzenia nie miały żadnej szansy zaistnienia. Podobnie charyzmatyczne dary, jakie ojciec Pio otrzymał od Boga, liczba dusz, jakie przyprowadził do Ojca oraz inspiracja i wskazówki, jakie dawał zwyczajnym katolikom odnośnie poszukiwania doskonałości, wskazują na to, że to Bóg działał przez ręce tego człowieka.