W 1955 ukończył prawo na UJ. Drogę dziennikarską rozpoczął w "Po prostu" w 1956. W 1970 rodzi się inicjatywa Bratkowskiego, która przeszła do historii prasy w PRL-u: dodatek do "Życia Warszawy" pt. "Życie i Nowoczesność". Dodatek popularyzujący innowacyjne rozwiązania techniczne i gospodarcze odbiegał treścią od reszty prasy i po trzech latach coraz większych kłopotów z władzami został zlikwidowany. Udaje się go wznowić w 1980, ale tylko na rok. W 1978 Bratkowski współorganizuje nieformalne Konwersatorium "Doświadczenie i Przyszłość" skupiające wybitnych intelektualistów. Jest jednym z autorów raportów DiP, ważnej części dorobku intelektualnego polskiej opozycji. Kiedy po wprowadzeniu stanu wojennego rozwija się niezależny ruch wydawniczy, Bratkowski znajduje dla siebie miejsce jako autor oryginalnej "Gazety Dźwiękowej", czyli godzinnego programu egzystującego na kasetach magnetofonowych. W latach 1983-89 ukazało się ponad 20 takich programów. W przełomowych latach 1980-82 był prezesem SDP, później, w okresie delegalizacji stowarzyszenia, jako prezes "podziemny" pełnił tę funkcję aż do 1989, potem, już jawnie do 1990; od 1991 pozostawał zaś prezesem honorowym. W latach 1986-90 wchodził w skład Klubu Obywatelskiego przy Lechu Wałęsie. Od 1991 do 1992 był prezesem Spółdzielni Wydawniczej "Czytelnik". Oprócz publicystyki uprawianej na łamach prasy, Bratkowski jest autorem wielu książek, cieszących się uznaniem czytelników. Najważniejsze z nich to m.in.: Księga wróżb prawdziwych (1969),Gra o jutro (1970, napisana wspólnie z bratem Andrzejem),Skąd przychodzimy (1975),Oddalający się kontynent (1978),Z czym do nieśmiertelności (1977),Nowy Marsyliusz czyli społeczeństwo inteligentne (1981),Wiosna Europy (1997),Najkrótsza historia Polski (1998),Pan Nowogród Wielki (1999),Podróż do nowej przeszłości (2000). Szczególne miejsce w jego dorobku zajmuje scenariusz serialu telewizyjnego Najdłuższa wojna nowoczesnej Europy pokazującego zwycięską walkę Wielkopolan z pruskim zaborcą, w której orężem były inicjatywy gospodarcze, przedsiębiorczość, zmysł organizacyjny. Często wracał do swoich napisanych już książek, przerabiał je, czego efektem były nieraz bardzo rozbudowane wznowienia lub też całkiem nowe prace. Stefan Bratkowski otrzymał w 1980 nagrodę im. Adolfa Bocheńskiego, a w 1998 nagrodę PEN Clubu im. Ksawerego Pruszyńskiego. Z tej okazji Ryszard Kapuściński napisał o nim: "W tym, o co walczy - jest pozytywistą, w sposobie, w jaki walczy- romantykiem".