Jesteśmy społecznością, która kocha książki

Najbardziej znaną jego sztuką teatralną jest Namiestnik. Tragedia chrześcijańska wydana w 1963 r. Tytułowym namiestnikiem, poprzez kontekst, w którym umocowana jest treść dramatu, i inne występujące postacie, jest papież Pius XII. Poprowadzona przez autora narracja i dramaturgia jest wobec tego papieża negatywna i prowadząca do wniosku o co najmniej obojętności, jeśli nie o popieraniu nazistowskiego wyniszczania Żydów. Sztuka była chętnie wykorzystywana w PRL do antyreligijnej propagandy. Ale nie zawsze była przyjmowana entuzjastycznie. Znany warszawski krytyk teatralny, Jerzy Koenig po premierze "Namiestnika" w Teatrze Narodowym w kwietniu 1966 (reż. Kazimierz Dejmek) napisał, że nie jest to przykład ani literatury wielkiej ani teatru politycznego.
Według ujawnionych w 2007 r. przez rumuńskiego generała Securitate, Iona Mihaia Pacepę, informacji, dramaturg był inspirowany do napisania sztuki przez wieletniego pracownika radzieckich słuzb specjalnych, gen. Iwana Iwanowicza Agajanca, specjalizującego się m.in. w dezinformacji. W ramach operacji KGB pod nazwą Seat-12 miał on dostarczyć Hochhuthowi w 1963 r. materiały obciążające papieża, według Pacepy sfabrykowane przy pomocy Securitate. W wywiadzie telefonicznym przeprowadzonym przez Dziennik w lutym 2007 r. dramaturg uchylił się od odpowiedzi na pytanie, czy kontaktował się z Agajancem, i przerwał rozmowę. Inni historycy i badacze tematu nie zgadzają się z sugestiami Iona Pacepy. Dramat ten wystawiany na wielu scenach europejskich i amerykańskich spotkał się z szeroką dyskusją i szeregiem kontrowersji. Inną głośna i kontrowersyjną sztuką Hochhutha byli "Soldaten", w której sugeruje, że Winston Churchill był bezpośrednio zaangażowany w morderstwo generała Władysława Sikorskiego w wypadku samolotowym na Gibraltarze. W sztuce tej obciąża też Churchilla odpowiedzialnością za masowe naloty dywanowe na miasta niemieckie i śmierć tysięcy mieszkańców tych miast. "Żołnierzy" wystawiały m.in. sceny Berlina, Londynu i Toronto. Rolf Hochhuth za swoją twórczość literacką nagrodzony był w 1980 Lessing Literaturpreis (Hamburg),a w 1990 w Bazylei nagrodą Jackob-Burchkhardt Preis. Andrzej Wajda w 1983 roku sfilmował powieść Hochhutha Miłość w Niemczech.