Planeta Cybertron... Optimus Prime, przywódca Autobotów dowiaduje się właśnie o napaści na wioskę, która miała miejsce w sektorze Mini-Conów - rasy małych Transformerów. Agresorami są Decepticony, rasa złych Transformerów, napadających na wioski i uprowadzających setki Mini-Conów w sobie tylko znanym celu. Próby obrony kolejnych wiosek spełzają na niczym. Złe Transformery rosną w siłę - okazuje się, iż potrzebują Mini-Conów właśnie do spotęgowania własnych mocy. Przywódca Decepticonów, Megatron wypowiada jawną wojnę Autobotom. Napada na Cyber City (gigantyczne miasto na Cybertronie) z armią złych Transformerów i ogłasza się nowym przywódcą miasta. Następuje starcie Decepticonów z Autobotami, na czele których stoi faktyczny przywódca Cyber City - Optimus Prime. W tym samym czasie trójka Mini-Conów: Runway, Sonar i Jetstorm, którym udało się zbiec z kwatery Decepticonów odnajduje w ruinach jednej z wiosek swojego pobratymcę - Sparpluga. Okazuje się, że uciekinierzy mają ukryty statek kosmiczny i zamierzają nim uciec z Cybertrona... z całą populacją Mini-Conów, które są jeszcze przy życiu i które przetrzymywane są w kwaterze Decepticonów. Czwórka małych Transformerów zakrada się do więzienia dla Mini-Conów i uwalnia swoich braci. Udaje im się to jedynie dlatego, iż cała armia Decepticonów w międzyczasie walczy z Autobotami w Cyber City. Kiedy wiadomość o ucieczce Mini-Conów dociera do Magatrona - jest już za późno... Statek z uciekinierami znika na zawsze z Cybertrona...