zawiera wiele opisów tego, jak coś funkcjonuje (np. Układ Słoneczny). Amerykańskiego uczonego interesuje jednak pochodzenia tego, co już istnieje. Behe kieruje swoją uwagę na świat przyrody ożywionej w mikroskali i zastanawia się, czy życie na poziomie molekularnym, czyli – jak pisze – „fundament życia”, może zostać wyjaśnione na podstawie losowych mutacji i doboru naturalnego.

Autor prezentowanej publikacji argumentuje, że niektóre układy biologiczne – zwane przez niego mechanizmami molekularnymi – posiadają pewną cechę, która nie może zostać wyjaśniona naturalistycznie. Behe ma na myśli nieredukowalną złożoność. Zgodnie z tym ujęciem, układ niedrukowalnie złożony składa się z wielu wzajemnie dopasowanych części, które pełnią określoną funkcję. Usunięcie chociażby jednego elementu powoduje, że układ przestaje być funkcjonalny. Uczony twierdzi, że układy tego typu nie mogły powstać na gruncie darwinowskiej ewolucji kumulatywnej postępującej małymi krokami, ale są świadectwem inteligentnego projektu. Amerykański biochemik omawia w tym kontekście między innymi przykład wici bakteryjnej, która składa się z około 50 różnych typów białek i służy bakteriom jako swego rodzaju silnik obrotowy. Nie mogła ona, jak argumentuje Behe, powstać drogą stopniowych przekształceń, ponieważ na wcześniejszych etapach nie pełniłaby swojej funkcji. Aby zobrazować swój pogląd, uczony posłużył się przykładem struktury nieredukowalnie złożonej stosowanej w życiu codziennym. Mianowicie standardowa pułapka na myszy musi od razu posiadać wszystkie elementy w odpowiednim ułożeniu, ponieważ w innym przypadku nie pełniłaby określonej funkcji polegającej na łapaniu myszy.

Warto zaznaczyć, że Behe jest ewolucjonistą, ale niedarwinowskim. Akceptuje on pogląd o wspólnocie pochodzenia, lecz odrzuca twierdzenie o przypadkowych mutacjach mogących doprowadzić do powstania złożonych struktur biologicznych. Książka Czarna skrzynka Darwina zawiera pozytywną argumentację na rzecz teorii inteligentnego projektu.