Głównym celem niniejszej pracy jest sprawdzenie mocy i zasadności rozmaitych metodologicznych zarzutów wysuwanych przez adwersarzy teorii inteligentnego projektu w celu wykazania jej nienaukowości. Zbadanie tej kwestii pozwoli na udzielenie odpowiedzi na pytanie o status poznawczy teorii inteligentnego projektu lub przynajmniej ustalenie, czy spełnia ona albo musi spełniać proponowane przez krytyków kryteria naukowości. Jeżeli okaże się, że teoretycy projektu są w stanie odeprzeć metodologiczne zarzuty wobec swojej teorii, to ciężar sporu należy przenieść z płaszczyzny metodologicznej na płaszczyznę przyrodniczą. Oznaczałoby to jednocześnie, że teoria inteligentnego projektu formułuje twierdzenia o treści empirycznej, które przynajmniej w zasadzie podlegają sprawdzeniu metodami uznawanymi obecnie za naukowe, jak również, że teoretycy projektu mogą brać udział w debacie nad obiektywnym obrazem rzeczywistości przyrodniczej, a ich stanowisko poznawcze nie powinno być spychane, jak to zazwyczaj robią krytycy, do sfery subiektywnych poglądów religijnych.