Od kiedy tylko sięga pamięcią, Natsume dostrzegał zjawy, duchy, rzeczy, których inni nie byli w stanie dojrzeć. Po śmierci swoich rodziców jest przekazywany kolejnym członkom rodziny, lecz nigdzie nie pozostaje na dłużej, ponieważ jego dziwne zachowanie i niezrozumiałe słowa przerażają ludzi w jego otoczeniu. W końcu trafia do domu Fujiwarów, starszej pary, krewnych ze strony jego ojca. Ponieważ chłopcu bardzo na nich zależy i nie chce ich do siebie zniechęcić, ukrywa swoje zdolności. Jest to tym cięższe, że Youkai (duchy, zjawy), które do tej pory zazwyczaj go ignorowały lub reagowały zaskoczeniem, gdy orientowały się, że potrafi je widzieć, zaczynają go atakować, żądając oddania im księgi.
Co to za księga i jaki związek ma ona z jego babcią? I czy gruby, gadający kot naprawdę będzie w stanie ochronić go przed rozwścieczonymi Youkai?