Jesteśmy społecznością, która kocha książki

Pochodził z rodziny rolniczej. Absolwent Królewskiego Gimnazjum w Ostrowie (matura 1912). W latach 1912–1914 studiował na uniwersytecie w Berlinie filologię klasyczną, historię literatury polskiej i rosyjskiej oraz historię, a wśród jego wykładowców byli między innymi Aleksander Brückner i Theodor Schiemann. Działał podczas tych studiów w Związku Młodzieży Polskiej Zet. Przez rok przewodniczył samokształceniowej ekspozyturze Związku zwanej Grupą Narodową.
W czasie I wojny światowej wcielony do armii niemieckiej. W 1918 powrócił do Wielkopolski. W 1919 walczył w powstaniu wielkopolskim, w tym samym roku walczył wśród ochotników z Poznania idących wspomóc Polaków we Lwowie. Od 1919 pracował w Wydziale Archiwów Państwowych w Warszawie, w 1920 został przeniesiony do pracy w Archiwum Państwowym w Poznaniu, gdzie pracował do 1923. Na Uniwersytecie Poznańskim dokończył przerwane wojną studia historyczne i w 1921 otrzymał tytuł doktora filozofii za pracę Polityka rządu pruskiego wobec Żydów polskich od roku 1793 do 1806. W 1922 odbył podróż służbową do Szwajcarii, skąd przywiózł archiwa tzw. Agencji Lozańskiej. W tym samym roku zainicjował, wraz z Teodorem Tycem, powstanie w Poznaniu Towarzystwa Miłośników Historii Ziem Zachodnich (przemianowanego w 1925 na Towarzystwo Miłośników Historii). Był jednym z członków-założycieli Towarzystwa Miłośników Miasta Poznania. Po odejściu z pracy w archiwum w 1923 wykładał na Uniwersytecie Ludowym w Dalkach (ob. Gniezno). Od 1926 był zastępcą, a od 1928 dyrektorem Biblioteki Raczyńskich w Poznaniu. Pełnił tę funkcję do wybuchu wojny w 1939. Był członkiem kolegium redakcyjnego Kroniki Miasta Poznania, wzbogacił ją o wiele artykułów dotyczących historii Poznania i Wielkopolski w XIX wieku. Habilitował się w 1930 z zakresu historii ziem zachodnich, następnie do wybuchu wojny wykładał jako docent na Uniwersytecie Poznańskim. II wojnę światową spędził w Ostrowcu Świętokrzyskim oraz na podostrowieckiej wsi, gdzie pracował jako urzędnik folwarczny i prowadził tajne nauczanie młodzieży gimnazjalnej. Na Kielecczyźnie znalazł się wraz z rodzina w wyniku wysiedlenia z Poznania przez niemieckiego okupanta w pierwszych tygodniach wojny. W końcu 1944 przeniósł się do Lublina, gdzie objął profesurę na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim (historia nowożytna). Od 1945 kierował tam Katedrą Historii Kultury Polskiej, w latach 1947–1948 był dziekanem Wydziału Nauk Humanistycznych oraz sekretarzem generalnym i wiceprezesem Towarzystwa Naukowego KUL, od 1944 do 1949 był dyrektorem Biblioteki Uniwersyteckiej. W latach 1952–1956 poseł na Sejm z okręgu lubelskiego. Przeszedł w stan spoczynku w 1962. Zmarł w 1975. Został pochowany na cmentarzu na lubelskim Czwartku. Jego synem jest biskup rzymskokatolicki Julian Wojtkowski.