W pracach historycznych Koneczny zajmował się historią Europy Środkowej i Wschodniej głównie w okresie średniowiecza i wczesnej nowożytności. Interesowały go zwłaszcza kwestie związane z: zakonem krzyżackim, oraz stosunki Polski i Litwy ze wschodnimi sąsiadami. Obok prac naukowych publikował także dzieła popularyzatorskie i podręcznikowe, jak: Dzieje narodu polskiego dla młodzieży (1889), Dzieje Śląska (1897) czy Dzieje Polski za Piastów (1902) i Dzieje Polski za Jagiellonów (1903).

W swoich pracach historycznych podkreślał pozytywny wpływ Kościoła katolickiego na rozwój społeczeństwa (ukazując m.in. jak w konfliktach władzy państwowej z Kościołem rodziły się samorządy i przekonanie o prawach społeczeństwa względem władcy), oraz dominującą rolę idei w historii, tak np. w „Teorii Grunwaldu” (1910) pokazuje, że zwycięstwo nad zakonem krzyżackim było wynikiem nie tyle przewagi militarnej, ile wyższości idei samostanowienia narodów, opracowanej przez Stanisława ze Skalbmierza i Pawła Włodkowica, nad, będącymi podstawą moralną i prawną dla roszczeń krzyżackich, uniwersalizmami cesarskim i papieskim. Często podkreślał też fałszywość teorii deterministycznych, ukazując wpływ wybitnych jednostek na dzieje. Uwypuklał narodowościowy charakter konfliktów polsko-niemieckich, a później polsko-krzyżackich i jego zdaniem negatywną rolę Żydów w dziejach Polski. Przykładał także dużą wagę do badań rozwoju administracji – „Dzieje administracji w Polsce” (1924), oraz rozwoju gospodarczego – „Rzut oka na polskie dzieje gospodarcze” (1918). Z biegiem czasu Koneczny publikował coraz mniej prac historycznych, a coraz więcej historiozoficznych.
Kwestia rusińska