"Przeciw Apionowi" i "Autobiografia". "Przeciw Apionowi", dzieło wysoko cenione ze względu na zawarte w nim wyciągi z zaginionych utworów historyków starożytnych, zostało napisane w 93/94 r. Uznane za "dzieło moralnie piękne, najpiękniejsze ze wszystkich, jakie wyszły spod pióra Józefa" (Riccotti). Jest także jedyną zachowaną do naszych czasów apologią Żydów, która stała się wzorem dla apologetów chrześcijańskich. "Autobiografia" ukazuje niezwykłe losy Józefa Flawiusza jako człowieka oraz jako wybitnego historyka czasów starożytnych.