"Noc ciemna" zawiera opis trudnego doświadczenia, jakim jest proces głębokiego oczyszczenia duszy. Autor omawia także sytuację człowieka zanurzonego w tym Bożym działaniu oraz jego skutek w postaci kontemplacji wlanej. Tematem księgi pierwszej jest "noc bierna" i przejście od medytacji do kontemplacji, natomiast księga druga mówi o "nocy ducha"

Książka jest podzielona na II księgi. I księga opisuje bierną noc zmysłów, a II bierną noc ducha - ostatni etap przed pełnym zjednoczeniem z Chrystusem.