Jest rok 2014. Ikari Shinji, młodzieniec w wieku lat 14, przybywa do miasta Tokio-3 na spotkanie z ojcem, który po latach rozłąki wezwał go nagle do siebie. Jak miało się okazać, ten dzień zmienić miał diametralnie przyszłość jego, a przy okazji również całej ludzkości. Oto, po wielu latach, do Tokio powróciły siejące zniszczenie tajemnicze istoty, zwane Aniołami. Ostatnią nadzieją rasy ludzkiej w tej walce są Evangeliony - gigantyczne, humanoidalne roboty bojowe. Jednego z nich ma pilotować właśnie Shinji...