Jest rok 1946. Przyszły papież świeżo po święceniach kapłańskich wyjeżdża do Rzymu. W tym samym niemal czasie do Polski zostaje przywieziony Rudolf Höss, skazany na śmierć komendant obozu w Auschwitz – na wykonanie wyroku czeka w Wadowicach, rodzinnym mieście Karola Wojtyły. Tu przystępuje do spowiedzi i komunii św. Udziela mu jej ksiądz pracujący w Łagiewnikach, gdzie pół wieku później Jan Paweł II konsekruje sanktuarium Miłosierdzia Bożego. Poprzez te dwa miejsca – Wadowice i Łagiewniki – w tajemniczy sposób splatają się losy wielkiego prześladowcy człowieka i wielkiego obrońcy jego praw.

Wujek Karol, kontynuacja cyklu zapoczątkowanego książką Lolek. Młode lata Papieża, jest beletryzowanym zapisem czasu przygotowania przyszłego papieża do przyjęcia godności biskupiej. Akcja rozgrywa się na tle narastającego stalinowskiego terroru, a jej punkty zwrotne to śmierć kardynała Sapiehy, aresztowanie prymasa Wyszyńskiego i przełom roku 1956. Opowieść oparta jest na dokumentach z epoki, relacjach świadków i wspomnieniach samego Jana Pawła II.