Madoka Kaname jest zwykłą dziewczyną, nie wyróżniającą się z tłumu - ma kochającą rodzinę, grono dobrych przyjaciół, chodzi do gimnazjum, miewa w życiu gorsze i lepsze dni. Wszystko zmienia się gdy spotyka Kyubeya - dziwne, kotopodobne stworzonko, które proponuje jej pewien układ: ono spełni jedno jej życzenie (jakie by nie było), a ona zacznie walczyć z wiedźmami jako...czarodziejka. Jednak czy naprawdę jest to takie proste? Jaką cenę trzeba zapłacić za zawarcie takiego kontraktu? I jaki związek z pojawieniem się Kyubeya ma tajemnicza dziewczyna, która przeniosła się do klasy Madoki?