W październiku 1939 roku Zbigniew Jerzy Brym wrócił z pola walk do Warszawy i włączył się do działań konspiracyjnych. W organizacjach wojskowych pełnił różne funkcje, był dowódcą kompanii w TAP, później dowódcą plutonu i zastępcą dowódcy kompanii w odziale saperskim ZWZ, instruktorem i wykładowcą minerki w Odziale Dywersji Bojowej 3, a następnie pełnił służbę w Kontrwywiadzie Obszaru Warszawskiego.