Jest rok 2496, po ponad trzystu latach od wydarzeń które doprowadziły do zniszczenia kopalni trymonitu na LV-178, planeta została zasiedlona przez ludzi i poddana terraformacji. Jednakże mimo użycia w tym celu najnowocześniejszej technologii coś poszło nie tak. Rozległe obszary powróciły do stanu toksycznej pustyni nazwanej przez inżynierów mających za zadanie rozwikłać problem Morzem Boleści.

Zespołem badawczym kieruje Alan Decker, który podczas prac terenowych ulega wypadkowi. Poważnie ranny zostaje ewakuowany na Ziemię, w trakcie podróży Deckera zaczynają dręczyć koszmary, w których potworne istoty chcą go zabić. Okazuje się, że jego wypadek doprowadził do odkrycia pod powierzchnią planety dawnej kopalni, a wraz z nią wraku statku obcych. Korporacja Weyland-Yutani wysyła go z powrotem na New Galveston wraz z grupą najemników, których celem jest dostarczenie na Ziemię żywego okazu ksenomorfa.

Na miejscu Decker orientuje się, że z obcymi wiąże go psychiczna więź, potrafi przeniknąć ich myśli i z przerażeniem odkrywa, że jest celem krwawej zemsty za czyny które popełnił Niszczyciel… jego odległy przodek którym była Ellen Ripley.