Można tę książkę czytać przez pryzmat silnego antykatolicyzmu albo, delikatnie rzecz ujmując, niewyszukanego antyjezuityzmu, jaki zawiera. Można też zastanawiać się, co mają wspólnego z doktryną Kościoła, a nawet chrześcijaństwem niektóre poglądy na temat chrześcijaństwa. Niech nas nie dziwi, że w czasach funkcjonowania Indeksu ksiąg zakazanych Świętego Oficjum, również Agonia została tam umieszczona. Takie stwierdzenia jak -„Chrystianizm zabija cywilizację zachodnią, podczas gdy ta zabija chrystianizm” - musiały szokować.
Odrobina cierpliwości pozwoli nam jednak odkryć pełnię oryginalności spojrzenia Unamuno na chrześcijaństwo, a poprzez nie na życie. Bo tak naprawdę Agonia chrystianizmu mówi o życiu. Autentyczna egzystencja człowieka toczy się pośród przeciwieństw, wewnętrznych sprzeczności, jest nieustanną walką - agonią. Stąd tytuł książki. Słowo agonia - pochodzenia greckiego - oznacza właśnie walkę, zmaganie się, które człowiek musi toczyć w sobie każdego dnia. Poprzez agonię człowiek tworzy samego siebie, jej brak jest równoznaczny z unicestwieniem.(ze wstępu tłumacza)

Dziennik intymny jest świadectwem kryzysu duchowego i religijnego, przez jaki Unamuno przeszedł w związku z chorobą swego synka. Często porównywany na przykład z Myślami Pascala lub z Dziennikiem intymnym Amiela. Na kartach Dziennika intymnego Unamuno jawi się jako myśliciel wrogi intelektualizmowi, starając się zdefiniować własną tożsamość i nawiązać kontakt z Bogiem poprzez odwoływanie się do tekstów natchnionych, a być może także szukający utraconej wiary dzieciństwa. Dziennik intymny został odkryty i opublikowany dopiero w 1966 roku.