Książka jest historią wojny (431-404 p.n.e.) pomiędzy Związkiem Ateńskim a Peloponeskim (Sparta).
Dzieło Tukidydesa jest istotne z wielu względów. Po raz pierwszy odwołano się tutaj w sposób przemyślany do metodologii badań historycznych. W Wojnie peloponeskiej znaleźć można różne metody wnioskowania o przeszłości, na podstawie śladów dostępnych dla historyka. Z faktu, że najstarsza świątynia ateńska znajduje się na akropolu wnioskuje, że jest to najstarsza część miasta. Ze sposobu grzebania zmarłych na Delos dochodzi do przekonania, że pierwotna ludność przybyła z innych terenów. Z tego powodu dzieło jest niezastąpionym źródłem wiedzy o wojnie peloponeskiej. Tukidydes przedstawił fakty z niezwykłą skrupulatnością. Informacje o wydarzeniach czerpał z własnych przeżyć, lub z relacji wiarygodnych świadków. Wszelkie informacje poddaje racjonalnej weryfikacji. Jeśli znajduje sprzeczne wersje, porównuje je ze sobą i próbuje dociec prawdy. Zdaje sobie sprawę z możliwych nieścisłości ze względu na zawodną pamięć ludzką. Takie metody na szerszą skalę zaczęto stosować w czasach współczesnych.