Podczas burzy na Morzu Śródziemnym rybacy wyławiają człowieka z ranami postrzałowymi i oddają go pod opiekę lekarza – Anglika osiadłego na małej wysepce w pobliżu francuskiego wybrzeża. Anglikowi, choć żyje w oparach alkoholu, udaje się utrzymać pacjenta przy życiu, a po kilku tygodniach ranny zaczyna wracać do zdrowia. Fizycznie, bo jeden z pocisków, który utknął w czaszce, spowodował amnezję – mężczyzna nie wie, kim jest, skąd pochodzi i czym się zajmuje. Pewne jego cechy wzbudzają podejrzenia lekarza: farbowane włosy, pozostałości zabiegów chirurgicznych na twarzy, ślady używania soczewek kontaktowych, mimo że pacjent ma doskonały wzrok. A co najważniejsze, nieznajomy ma pod skórą wszyty mikroskopijny negatyw z adresem banku w Zurychu i numerem konta.

Żeby poznać swoją tożsamość, mężczyzna wyrusza do Szwajcarii. Po drodze odkrywa w sobie zaskakujące umiejętności – znakomicie posługuje się bronią, wie, jak zdobyć fałszywe dokumenty, jak kraść i tropić. Jednym słowem, jak przetrwać w dżungli, zarówno tej stworzonej przez naturę, jak i tej, która jest dziełem człowieka. W zuryskim banku dowiaduje się, że nazywa się Jason Bourne i ma na koncie – bagatela! – prawie dwanaście milionów franków.

Ale pytania co do jego przeszłości się mnożą. Kto i z jakiego powodu próbuje go zabić, czym zajmuje się firma Treadstone 71, czy jego działalność w dawnym życiu miała związek ze słynnym terrorystą Carlosem, a jeśli tak, to jaki? Przede wszystkim jednak musi się dowiedzieć, czy swoje szczególne umiejętności wykorzystywał, stojąc po właściwej stronie.