Janusz Marek Kurtyka urodził się 13 VIII 1960 r. w Krakowie jako starszy syn Stanisława (1930–1967; inżyniera w przedsiębiorstwie Elektroprojekt) i Stanisławy z d. Jasek (ur. 1932; pracownika administracyjnego przedsiębiorstwa Transbud – Nowa Huta). Rodzice pochodzili z podtarnowskiego Radłowa, w latach pięćdziesiątych przenieśli się do Krakowa, gdzie Stanisław rozpoczął studia na AGH (po których nakazem pracy skierowany został do Gliwic, później podjął pracę w Nowej Hucie),a Stanisława zaczęła pracę w powstającej wówczas pod Krakowem Nowej Hucie.
Janusz Kurtyka dzieciństwo i wczesną młodość spędził w Nowej Hucie. Uczęszczał do szkół podstawowych nr 95 im. Władysława Broniewskiego przy ul. Wileńskiej 9 i nr 104 im. Stefanii Sempołowskiej (dziś im. Jana Matejki) na os. Wysokim 7, a później do III Liceum Ogólnokształcącego im. Jana Kochanowskiego na os. Wysokim 6 w Krakowie Nowej Hucie. Choć uczył się w klasie o profilu matematyczno-fizycznym, przejawiał wszechstronne zainteresowania – obok matematyki pasjonował się przede wszystkim historią. Redagował szkolny periodyk „Po prostu”, działał w samorządzie szkolnym (przez pewien czas będąc zastępcą przewodniczącego). W latach szkolnych intensywnie uprawiał sport, trenował m.in. siatkówkę i karate. Z czasem jego zainteresowania coraz bardziej koncentrowały się na historii średniowiecznej i nowożytnej. W 1977 r. zajął czwarte miejsce w wojewódzkim konkursie dla uczniów szkół średnich „Kraków w czasie Oświecenia”, w konsekwencji czego 7 maja tego roku odznaczono go Złotą Odznaką „Przyjaciel Krakowa”. W 1978 r. zajął pierwsze miejsce w konkursie wiedzy o Nowej Hucie. W tym samym roku został finalistą ogólnopolskiej V Olimpiady Historycznej, a rok później znalazł się wśród finalistów kolejnej. W tym okresie nawiązał pierwsze kontakty ze studentami z tzw. drugiego SKS, m.in. z Waldemarem Radziszewskim. Prowadził też kolportaż (na terenie III LO) drugoobiegowego pisma „Merkuriusz Krakowski i Światowy”.
Latem 1979 r. uczestniczył w tzw. praktyce zerowej przed I rokiem studiów, biorąc udział w wykopaliskach archeologicznych w Kietrzu koło Raciborza, prowadzonych przez prof. Marka Gedla. W październiku 1979 r. rozpoczął studia w Instytucie Historii Uniwersytetu Jagiellońskiego. Zaangażował się wówczas w działalność Koła Naukowego Historyków Studentów UJ. Przez dwie kadencje w latach 1980–1982 był wiceprezesem Zarządu Koła, kierowanego przez Janusza Pezdę. Po wprowadzeniu stanu wojennego i wyjeździe J. Pezdy z Krakowa kierował pracami Koła, oficjalnie zawieszonego, jednak faktycznie kontynuującego działalność (udostępniał jego lokal przy ul. Świerczewskiego [obecnie Studenckiej] na rzecz działalności podziemnej).
Był inicjatorem, współzałożycielem (wraz z Jerzym Markiem Nowakowskim) i redaktorem naczelnym „Studenckich Zeszytów Historycznych”, wydawanych przez KNHS UJ. Jako redaktor naczelny czuwał nad publikacją trzech pierwszych numerów w latach 1982–1985. Był także jednym z pomysłodawców organizowania ogólnopolskich studenckich konferencji naukowych. Był współzałożycielem Sekcji Mediewistycznej Koła, działał też w grupie metodologicznej. W latach 1982–1983 kierował działem wydawnictw KNHS UJ.
Od 1980 r. Janusz Kurtyka silniej związał się z nurtem niepodległościowym opozycji. W marcu tego roku uczestniczył w akcji ulotkowej nawołującej do bojkotu wyborów do Sejmu PRL. Jesienią znalazł się wśród założycieli Niezależnego Zrzeszenia Studentów na Wydziale Filozoficzno-Historycznym UJ. Został członkiem Komitetu Założycielskiego NZS UJ, powołanego 15 IX 1980 r. Wspólnie z Andrzejem Nowakiem reprezentował NZS Wydziału Filozoficzno-Historycznego w Konwencie NZS UJ. Wchodził także w skład Komisji Statutowej Zrzeszenia. W NZS Wydziału Filozoficzno-Historycznego, obok Jana Lencznarowicza, A. Nowaka i Ryszarda Nowaka, najbliżej współpracował z Andrzejem Dziadzią, Jeremim Nieśpielakiem, J. Pezdą oraz Leszkiem Śledziem. Z ramienia NZS wszedł w skład Rady Naukowej Instytutu Historii UJ oraz Rady Wydziału Filozoficzno-Historycznego.
W styczniu 1981 r., po dwukrotnym najściu jego mieszkania przez funkcjonariuszy SB, przez miesiąc ukrywał się u Pawła Myczkowskiego przy ul. Rakowickiej.
W lutym 1981 r. uczestniczył w strajku NZS, którego celem była walka o rejestrację Zrzeszenia. Został członkiem grupy ochraniającej strajk, kierowanej przez Krzysztofa Dawidowicza. Był także jednym z inicjatorów zajęcia przez strajkujących Collegium Witkowskiego przy ul. Gołębiej. Współorganizował odczyty dla protestujących studentów, które miały dowodzić, że strajk nie służy jedynie przerwaniu zajęć dydaktycznych. W listopadzie–grudniu 1981 r. uczestniczył w kolejnym proteście NZS, zakończonym na UJ dzień przed wprowadzeniem stanu wojennego. Był wówczas współorganizatorem prelekcji dla studentów, w których brali udział m.in. Bohdan Cywiński, Wacław Felczak i Andrzej Friszke. W 1980 r. zainicjował wyjazd studentów UJ na odsłonięcie pomnika poświęconego ofiarom Grudnia ’70 w Gdańsku. Rok później wszedł w skład komitetu obchodów Święta Niepodległości organizowanego we współpracy z MKS Małopolska NSZZ „Solidarność”.
Po wprowadzeniu stanu wojennego współtworzył (z Krzysztofem Gurbą, Markiem Kilianem, A. Nowakiem i Andrzejem Waśką) konspiracyjną Radę Programową NZS (nazywaną potocznie grupą ekspercką),podporządkowaną kierownictwu podziemnego NZS, czyli Krakowskiej Komisji Wykonawczej (z Adamem Kalitą i Markiem Lasotą). Rada Programowa wydawała czasopismo „Tędy…”, zakładała grupy samokształceniowe, zorganizowała Podziemny Uniwersytet Jagielloński, który wkrótce rozszerzył swoją działalność także na Akademię Medyczną. Opracowywała zbiory wskazówek i analizy działalności podziemnej. Czerpiąc ze wzorców ZWZ–AK, działacze Rady Programowej omawiali zasady konspiracji, utrzymywania łączności za pomocą martwych i żywych skrzynek kontaktowych, szyfrowania informacji itp. Janusz Kurtyka napisał poradnik „ABC konspiratora” (wykorzystywany później przez inne struktury podziemia i modyfikowany),przygotował też tekst przysięgi, którą członkowie grupy złożyli w konspiracji w styczniu 1982 r. W drugiej połowie tego roku Rada Programowa powołała Podziemną Agencję Prasową Studentów i Solidarności. Obok wydania powielaczowego PAPSS przygotowywała także dwie edycje maszynowe – jedną dla kierownictwa KKW NZS, drugą dla redakcji czasopism podziemnych w Krakowie. W 1982 r. w ramach Rady Programowej Janusz Kurtyka współtworzył Fundusz Inicjatyw Społecznych, biorący udział w świadczeniu pomocy pozbawionym środków do życia przedstawicielom wolnych zawodów (naukowcom, artystom, ludziom kultury itp.),a także rodzinom internowanych działaczy opozycji. FIS przedstawiał Biskupiemu Komitetowi Pomocy przy Kurii Metropolitalnej w Krakowie kandydatury osób, które powinny uzyskać wsparcie, a jego przedstawiciele uczestniczyli w przekazywaniu pomocy (finansowej i rzeczowej).
W grudniu 1981 r. Janusz Kurtyka rozpoczął tworzenie niezależnej od struktur NZS grupy konspiracyjnej w Nowej Hucie, w skład której weszli m.in. Jerzy Bryniak oraz Artur Wroński. Grupa zajmowała się produkcją kolców rzucanych pod koła samochodów milicyjnych podczas starć komunistycznego aparatu represji z manifestantami nowohuckimi, a także wyszukiwaniem odpowiednich miejsc dla nadajników Radia „Solidarność”. Kurtyka był pomysłodawcą urządzeń podsłuchowych umożliwiających rejestrowanie radiostacji resortowych. Wytwarzaniem tych urządzeń zajmował się Marek Podlecki. Nagrania rozmów prowadzonych podczas tłumienia zamieszek przez ZOMO (rzadziej przez SB) przekazywano za pośrednictwem Tomasza Gąsowskiego działaczom „Solidarności”. 14 XII 1984 r. M. Podlecki został tajnie aresztowany i zwerbowany do współpracy przez SB (pod ps. „Janusz”). Następnego dnia po werbunku przyznał się do tego Kurtyce, stwierdzając, że to jego miał rozpracowywać, bowiem SB podejrzewała go o kontakt z Radiem „Solidarność”. W związku z pozyskaniem M. Podleckiego przez bezpiekę (poza faktem zobowiązania się przez niego do współpracy Kurtyka nie znał szczegółów jego ewentualnych innych kontaktów z SB) działalność nowohuckiej grupy została profilaktycznie zawieszona, a w 1985 r. J. Bryniak i A. Wroński wykorzystując pobyt w Jugosławii, przedostali się na Zachód.
Janusz Kurtyka zorganizował także grupę kontrwywiadowczą mającą chronić NZS przed penetracją SB; m.in. przekazała ona władzom Zrzeszenia ostrzeżenie o możliwości współpracy z bezpieką Marka Płaszewskiego, rzeczywiście zarejestrowanego 20 X 1979 r. jako TW ps. „Marco” (początkowo prowadzony był przez Wydział III-1, a od 20 XI 1980 r. przez Inspektorat I KW MO/WUSW w Krakowie).
Prawdopodobnie w 1983 r. Janusz Kurtyka uczestniczył w poufnych debatach na temat społeczeństwa podziemnego, organizowanych w Instytucie Filologii Rosyjskiej UJ, do których wprowadzenie przygotowywali Andrzej Chwalba, K. Gurba i Adam Zając, a udział w nich brali m.in. Grzegorz Przebinda, Anna Raźny oraz Jan Maria Rokita. W latach 1982–1987 wykładał na Podziemnym Uniwersytecie Jagiellońskim. Współpracownikami, z którymi kontaktował się bezpośrednio, wyznaczającymi mu terminy i miejsca wykładów, byli: Marcin Bochenek, A. Nowak i Ryszard Terlecki (w koordynację działań Uniwersytetu zaangażowani byli także m.in. T. Gąsowski, K. Gurba, Józef Misiek i A. Zając). Współpracował też z Chrześcijańskim Uniwersytetem Robotniczym im. Prymasa Stefana Wyszyńskiego, zorganizowanym w Mistrzejowicach przez ks. Kazimierza Jancarza przy współpracy Jana L. Franczyka i R. Terleckiego. W obu podziemnych strukturach samokształceniowych prowadził wykłady z najnowszej historii Polski, traktujące głównie o wojennej i powojennej konspiracji niepodległościowej.
W związku z zaangażowaniem w działalność opozycyjną był rozpracowywany przez SB. W latach 1982–1983 kilkakrotnie przesłuchiwano go w Dzielnicowym Urzędzie Spraw Wewnętrznych w Krakowie Nowej Hucie. W sierpniu 1983 r. funkcjonariusz DUSW Kraków Nowa Huta podjął próbę werbunku Janusza Kurtyki, oferując mu w zamian za współpracę ułatwienia w znalezieniu pracy po studiach oraz zwolnienie z obowiązku odbycia zasadniczej służby wojskowej. W wypadku odrzucenia oferty groził uniemożliwieniem ukończenia studiów. Wobec kategorycznej odmowy współpracy SB odstąpiła od dalszych prób pozyskania. W latach 1984–1985 Janusz Kurtyka był rozpracowywany w ramach SOR krypt. „Mieszko” (nr rej. 26694),prowadzonej przez Wydział II WUSW w Krakowie przeciwko osobom zaangażowanym w działalność Radia „Solidarność”.
Podczas studiów na UJ Janusz Kurtyka zainteresował się szczególnie dziejami Polski w wiekach średnich. Od roku akademickiego 1980/1981 (II rok) studiował w trybie indywidualnego toku zajęć, pod opieką naukową prof. Zbigniewa Perzanowskiego, w którego seminarium uczestniczył. W 1983 r. obronił pracę magisterską „Morawicka linia Toporczyków w XIII do XV w. Studium historyczno-genealogiczne”. Studia na Wydziale Filozoficzno-Historycznym UJ w zakresie historii ze specjalnością nauczycielską ukończył 30 VIII 1983 r. z wynikiem bardzo dobrym. Egzamin magisterski zdawał przed komisją pod przewodnictwem dr hab. Renaty Dutkowej, z udziałem prof. Zbigniewa Perzanowskiego oraz prof. Stanisława Gawędy(recenzent).
W tym samym roku za namową prof. Jerzego Wiśniewskiego (kierownika Zakładu Słownika Historyczno-Geograficznego Ziem Polskich w Średniowieczu Instytutu Historii Polskiej Akademii Nauk) przystąpił do egzaminów wstępnych na studia doktoranckie w Instytucie Historii PAN w Warszawie. Po pomyślnym ich zdaniu rozpoczął pod kierunkiem prof. Antoniego Gąsiorowskiego przygotowywanie dysertacji doktorskiej. W 1985 r. został asystentem w Pracowni Słownika Historyczno-Geograficznego Małopolski w Średniowieczu IH PAN przy ul. Sławkowskiej 17, tj. krakowskiej placówce Zakładu Słownika Historyczno-Geograficznego Ziem Polskich w Średniowieczu, którą w tym czasie kierował dr Franciszek Sikora. W środowisku mediewistycznym Zakład ten uchodził za jedną z najbardziej prestiżowych placówek badawczych. 1 IX 1985 r. objął etat stażysty asystenta, a od 1 IX 1986 r. etat asystenta.
Pracę naukową przerwał na rok, odbywając od 1 IX 1987 do 1 IX 1988 r. zasadniczą służbę wojskową, początkowo (w 1987 r.) w Szkole Podchorążych Rezerwy przy 37. Pułku Artylerii LWP w Kędzierzynie-Koźlu, a następnie (w 1988 r.) w 42. Zmechanizowanym Pułku Piechoty LWP w Żarach (był tam dowódcą plutonu dowodzenia w dywizjonie artylerii) oraz w 11. Drezdeńskiej Dywizji Pancernej im. Jana III Sobieskiego w Żaganiu. W listopadzie 1987 r. wraz z Franciszkiem Hennelem doprowadził do protestu dwunastu podchorążych, którzy nie wzięli udziału w obowiązkowym głosowaniu w referendum dotyczącym tzw. II etapu reformy gospodarczej. Po tym wydarzeniu przeprowadzono z nim rozmowę dyscyplinującą (z udziałem zastępcy dowódcy dywizji do spraw politycznych, dowódcy pułku i jego zastępcy do spraw politycznych oraz dowódcy Szkoły Podchorążych Rezerwy). Wojsko opuścił ze stopniem ogniomistrza podchorążego (awans z 18 VII 1988 r.). Rok po powrocie z wojska (1 IX 1989 r.) objął w IH PAN etat starszego asystenta.
Równolegle z pracami mediewistycznymi prowadził badania w zakresie polskiej historii najnowszej. W 1987 r. opublikował w podziemnej „Arce” (nr 18) relację Stanisława Mandeckiego (ps. „Limba”, „Szpak”, „Wanda”) – dowódcy młodzieżowej organizacji konspiracyjnej „Orlęta”, działającej na Podkarpaciu w latach 1947–1949. W 1989 r., jeszcze w drugim obiegu, wydał pierwszą krajową biografię gen. Leopolda Okulickiego ps. „Niedźwiadek”.
W badaniach mediewistycznych koncentrował się na zagadnieniach genealogicznych (ze szczególnym uwzględnieniem rodu Toporczyków),organizacji osadnictwa (zwłaszcza na pograniczu małopolsko-ruskim),funkcjonowaniu elit społecznych i struktur władzy, a także na problematyce obszarów przygranicznych (głównie ziem wschodnich przedrozbiorowej Rzeczypospolitej). Obok samodzielnej aktywności naukowej brał udział w pracach zespołów badawczych przygotowujących m.in. spisy urzędników małopolskich w średniowieczu oraz spisy urzędników podolskich w epoce jagiellońskiej. Przede wszystkim jednak był współautorem Słownika historyczno-geograficznego województwa krakowskiego w średniowieczu. Zainteresowania genealogiczne przynosiły istotne dokonania w zakresie biografistyki, m.in. w postaci haseł przygotowywanych do kolejnych tomów Polskiego Słownika Biograficznego. W 1995 r. obronił w PAN rozprawę doktorską (wydaną dwa lata później): Tęczyńscy. Studium z dziejów polskiej elity możnowładczej w średniowieczu (Kraków 1997). Promotorem pracy był prof. A. Gąsiorowski, a recenzentami prof. Feliks Kiryk oraz prof. Błażej Śliwiński. Obrona odbyła się po dziesięciu latach pracy w IH PAN, przepisy zaś wymagały przeprowadzenia jej w ciągu ośmiu lat od chwili zatrudnienia. Z tego powodu od 1 IX 1994 r. formalnie pracował na etacie starszego dokumentalisty inżynieryjno-technicznego. Po uzyskaniu tytułu doktorskiego z dniem 1 VII 1995 r. przeszedł na etat adiunkta.
W 2000 r. na podstawie rozprawy Latyfundium tęczyńskie. Dobra i właściciele (XIV–XVII wiek) (Kraków 1999) uzyskał stopień doktora habilitowanego. Przewód habilitacyjny przeprowadził na Wydziale Historii UJ, ponieważ Rada Naukowa IH PAN ze względów formalnych odrzuciła jego wniosek o otwarcie przewodu w PAN. Recenzentami w przewodzie habilitacyjnym na UJ byli prof. Stanisław Szczur, prof. A. Gąsiorowski oraz prof. F. Kiryk. 8 XII 2000 r. Rada Wydziału Historycznego UJ podjęła uchwałę o nadaniu Januszowi Kurtyce stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk humanistycznych w zakresie historii średniowiecznej, co 25 VI 2001 r. zatwierdziła Centralna Komisja ds. TytułuNaukowego i Stopni Naukowych.
W latach 1999–2002 i 2003–2006 był członkiem Rady Naukowej IH PAN. Wziął udział w kilku mediewistycznych międzynarodowych konferencjach naukowych poświęconych europejskiemu rycerstwu i szlachcie, m.in. w Budapeszcie (1996),Leeds (1997),Kalamazoo (1999),Reichenau (2000),Konstancji (2003). Od 1996 r. współpracował z Department of Medieval Studies of Central European University Budapest (w szczególności z prof. Jánosem M. Bakiem).
W 2000 r. w związku z nominacją na dyrektora Oddziału Instytutu Pamięci Narodowej w Krakowie dyrekcja IH PAN udzieliła mu od 1 października bezpłatnego urlopu na czas sprawowania nowej funkcji. Nadal prowadził badania naukowe z zakresu wieków średnich, koncentrując się w tym czasie głównie na problematyce ziem wschodnich dawnej Rzeczypospolitej. Wydał także ważną syntezę Odrodzone Królestwo. Monarchia Władysława Łokietka i Kazimierza Wielkiego w świetle nowszych badań (Kraków 2001),ukazującą ewolucję ustrojową Królestwa Polskiego w latach 1320–1370. Wraz z Waldemarem Bukowskim opracował projekt utworzenia w IH PAN Pracowni Słownika Ziem Ruskich Korony oraz Podola i Wołynia, a także powołania Stacji Naukowej PAN w Kijowie.
Równolegle z pracą w PAN rozwijał zainteresowania dotyczące historii najnowszej. Sprawiły one, że w latach dziewięćdziesiątych silniej związał się z weteranami walk o niepodległość Polski. Ważną rolę we wprowadzeniu Janusza Kurtyki w to środowisko (jeszcze w latach osiemdziesiątych) odegrał działacz młodzieżowej organizacji „Orlęta” i więzień komunistyczny S. Mandecki. Pozycję wśród kombatantów ugruntowało zaufanie, jakim darzyli Kurtykę ostatni żyjący wybitni działacze WiN: Mieczysław Huchla (ps. „Mieczysław”, „Wacław”, „Wilbik”),Ludwik Kubik (ps. „Alfred”, „Juliusz”, „Lucjan”) oraz Jerzy Woźniak (ps. „Jacek”, „Jerzy”, „Żmija”). Szczególnie jednak ważne było poparcie Andrzeja Zagórskiego (ps. „Mścisław”),żołnierza AK, a następnie jednego z najwybitniejszych dokumentalistów i badaczy dziejów konspiracji niepodległościowej lat 1939–1956. W 1994 r. przekazał on Kurtyce funkcję redaktora naczelnego „Zeszytów Historycznych WiN-u” (periodyku wydawanego od 1992 r. przez Komisję Historyczną Stowarzyszenia Społeczno-Kombatanckiego Zrzeszenie „Wolność i Niezawisłość”; do 1994 r. ukazały się cztery numery, których redaktorem naczelnym był A. Zagórski). Nowy redaktor naczelny uczynił z „Zeszytów” w pełni profesjonalne czasopismo naukowe. Zaangażował do autorskiej współpracy z pismem młodych historyków, którzy w kolejnych latach zaczęli nadawać ton badaniom nad powojenną konspiracją niepodległościową w Polsce. Trzon kierowanej przez niego redakcji stanowili: Wojciech Frazik (od numeru 5: 1994; od numeru 15: 2001 zastępca redaktora naczelnego),Anna Wiekluk (numery 6–15 w latach 1995–2001),dr hab. Zdzisław Zblewski (od numeru 11: 1998),dr Filip Musiał (od numeru 16: 2001; sekretarz redakcji),Marian Kozielski (od numeru 18: 2002),dr Michał Wenklar (od numeru 26–27: 2007),Dawid Golik (od numeru 30: 2009). W sumie jako redaktor naczelny opublikował 27 numerów „Zeszytów Historycznych WiN-u” (numery 5–31 w latach 1994–2009),na które złożyły się 564 artykuły, wspomnienia, edycje źródłowe, recenzje i biogramy.
Aktywność Janusza Kurtyki w „Zeszytach Historycznych WiN-u”, a także coraz większa rola, jaką odgrywał w życiu publicznym, sprawiły, że w czasie VI Walnego Zjazdu Krajowego Stowarzyszenia Społeczno-Kombatanckiego Zrzeszenie „Wolność i Niezawisłość” 17 IX 2003 r. na Jasnej Górze został wybrany prezesem Zarządu Głównego tej organizacji. Wybór potwierdzano podczas kolejnych dwóch Walnych Zjazdów Krajowych (we wrześniu 2005 i 2007 r.). Jego najbliższymi współpracownikami w Zarządzie Głównym byli: W. Frazik (wiceprezes do spraw wydawniczych przez trzy kolejne kadencje) oraz dr Teodor Gąsiorowski (wiceprezes do spraw organizacyjnych przez dwie kolejne kadencje),którego zastąpił dr Maciej Korkuć (wiceprezes do spraw organizacyjnych w latach 2007–2010). Jako prezes Zarządu Głównego Janusz Kurtyka dążył do zacieśnienia na szczeblu centralnym współpracy z innymi organizacjami kombatanckimi, a zwłaszcza zależało mu na ustabilizowaniu pozycji Stowarzyszenia w Federacji Stowarzyszeń Weteranów Walk o Niepodległość Rzeczypospolitej Polskiej. W latach 2009–2010 szczególnie blisko współpracował z prezesem Zarządu Głównego Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej ppłk. Czesławem Cywińskim. Dbał także o dobre kontakty z organami władzy państwowej. Za podstawowe zadanie uznawał zabezpieczenie źródeł finansowania działalności wydawniczej Stowarzyszenia, co umożliwiałoby stałe publikowanie „Miesięcznika Orzeł Biały” i „Zeszytów Historycznych WiN-u”, a także ukazywanie się serii wydawniczej „Biblioteka Zeszytów Historycznych WiN-u”. Wspierał inicjatywy prezesów okręgów Stowarzyszenia dotyczące lokalnego upamiętniania działań niepodległościowych AK i WiN. Regularnie występował do Prezydenta RP z wnioskami o odznaczenia dla działaczy WiN; m.in. doprowadził do pośmiertnego uhonorowania Orderem Orła Białego zapomnianych dotąd prezesów trzech Zarządów Głównych WiN z lat 1945–1948: Łukasza Cieplińskiego (3 V 2007 r.) oraz Wincentego Kwiecińskiego i Franciszka Niepokólczyckiego (15 VIII 2008 r.). Przez wiele lat podejmował starania o ustanowienie dnia 1 marca (rocznicy zamordowania w 1951 r. działaczy IV Zarządu Głównego WiN) dniem Żołnierzy Podziemia Niepodległościowego.
Obok działalności naukowej i społecznej szukał możliwości prowadzenia pracy dydaktycznej, której nie miał w PAN. W latach 1997–2001 był nauczycielem historii w V Prywatnym Liceum przy ul. Smoleńsk w Krakowie. 18 II 2002 r. objął etat profesora w Państwowej Wyższej Szkole Zawodowej w Przemyślu (od 2006 r. działającej pod nazwą Państwowa Wyższa Szkoła Wschodnioeuropejska),gdzie był też kierownikiem Zakładu Historii Starożytnej i Średniowiecznej. W roku akademickim 2004/2005 pełnił funkcję dyrektora Instytutu Historii i Archiwistyki PWSZ, a w latach 2002–2010 był członkiem Senatu PWSZ/PWSW. Prowadził wykłady: „Historia Polski średniowiecznej”, „Historia powszechna średniowiecza”, „Historia ustroju Polski X–XX w.”, a także seminarium dyplomowe. Jako promotor był niezwykle wymagający. Wysoki poziom jego seminarium potwierdza fakt, że kilka prac – powstałych po szerokiej kwerendzie źródłowej – zostało po obronie opublikowanych w serii wydawniczej „Monografie przemyskie” Wydawnictwa Fort z Przemyśla oraz Instytutu Historii i Archiwistyki PWSZ/PWSW (M. Grosicka, Organizacja Młodzieżowy Ruch Oporu w Tarnobrzegu w latach 1948–1949 [w:] Konspiracja i opór społeczny na Podkarpaciu w okresie PRL-u, red. J. Kurtyka, Przemyśl 2007, s. 81–124; J. Karbarz, Ruch „Solidarności” w Stalowej Woli (1980–1989) [w:] Ibidem, s. 125–175; M. Superson, Młodzieżowa organizacja konspiracyjna „Orlęta” (1947–1949) [w:] Ibidem, s. 27–80; R. Szczęch, Aparat bezpieczeństwa wobec księży Kościoła rzymskokatolickiego diecezji przemyskiej w latach 1944–1954, Przemyśl 2006; w przygotowaniu znajdowały się dwa kolejne tomy – pierwszy poświęcony średniowiecznej i wczesnonowożytnej ziemi przemyskiej, drugi Podolu). Piastował też funkcję kuratora Koła Naukowego Historyków Studentów.
Był promotorem rozprawy doktorskiej przygotowywanej przez asystenta Zakładu Historii Starożytnej i Średniowiecznej PWSZ/PWSW w Przemyślu Grzegorza Klebowicza (obecnie pracownika Biblioteki Uczelnianej PWSW),poświęconej sieci parafialnej diecezji przemyskiej obrządku łacińskiego w XIV–XVI w. Po ośmiu latach badań, wiosną 2010 r., praca znajdowała się niemal na ukończeniu, a doktorant czekał na ostatnie uwagi swego promotora.
Janusz Kurtyka był też recenzentem w ośmiu przewodach doktorskich – czterech prac z zakresu mediewistyki (Krzysztof Kowalewski, „Służebnicy królewscy w późnośredniowiecznych Czechach XIV–XV w.” – obrona 2003 r., promotor prof. Stanisław Bylina, PAN; br. Tomasz Michał Gronowski OSB, „Opactwo tynieckie w późnym średniowieczu” – obrona 2006 r., promotor prof. Krzysztof Ożóg, UJ; Karol Nabiałek, „Starostwo olsztyńskie do połowy XVII wieku”, obrona – 2006 r., promotor prof. Krzysztof Ożóg, UJ; Vitaliy Nagirnyy, „Polityka zagraniczna księstw ziem halickiej i wołyńskiej w latach 1198/1199–1264” – obrona 2008 r., promotor prof. Krzysztof Stopka, UJ) oraz czterech z historii najnowszej (Tomasz Balbus, „Zrzeszenie »Wolność i Niezawisłość« (WiN) na Śląsku w latach 1945–1948 w świetle źródeł własnych i materiałów aparatu represji” – obrona 2002 r., promotor prof. Wojciech Wrzesiński, Uniwersytet Wrocławski; Adam Dziuba, „Podziemie poakowskie w województwie śląsko-dąbrowskim w latach 1945–1947” – obrona 2004 r., promotor prof. Ryszard Kaczmarek, Uniwersytet Śląski; Cecylia Kuta, „Organizacje katolików świeckich w Małopolsce w latach 1957–1989” – obrona 2008 r., oraz Ewa Rzeczkowska, „Tajne organizacje harcerskie w Polsce w latach 1944–1956” – obrona 2009 r., promotorem obu ostatnich prac był prof. Mirosław Piotrowski, KUL).
Wyznaczono go także na recenzenta w przewodzie habilitacyjnym dr Ireny Rolskiej otwartym na KUL na podstawie publikacji Firlejowie Leopardzi. Studia nad patronatem i fundacjami artystycznymi w XVI–XVII wieku, Lublin 2009. Jednak przed śmiercią nie zdążył ukończyć pisania recenzji.
15 IX 2000 r. Janusz Kurtyka objął funkcję dyrektora Oddziału Instytutu Pamięci Narodowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Krakowie. Od podstaw zaczął tworzyć powierzoną mu jednostkę, która zakresem swoich kompetencji objęła tereny województw małopolskiego oraz świętokrzyskiego. Początkowo siedzibą Oddziału było niewielkie biuro po Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu (wcześniej Okręgowej Komisji Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu) przy ul. Mikołajskiej 4. Priorytetem dla nowo mianowanego dyrektora stało się zorganizowanie archiwum i jak najszybsze przejęcie dokumentacji od UOP, policji, sądów, organów więziennictwa oraz jednostek administracji państwowej i samorządowej. Władze Krakowa nie zapewniły IPN właściwego zaplecza lokalowego. Pięciopokojowe biuro przy ul. Mikołajskiej wkrótce stało się za ciasne dla Oddziału, który na początku 2001 r. zatrudniał ponad sześćdziesięciu pracowników. Podczas pierwszych kilkunastu miesięcy działalności – obok tworzenia zrębów Oddziału, przyjmowania pracowników, uruchamiania procedury rozpoznawania i przejmowania zasobu aktowego – dyrektor czynił wszelkie starania, by pozyskać lokal odpowiedni dla rozwijającej się jednostki o zróżnicowanych zadaniach. Problemy lokalowe udało się częściowo rozwiązać po przejęciu w 2002 r. kamienicy przy ul. Reformackiej 3 w Krakowie, gdzie znalazły siedzibę administracja, OBEP, OKŚZpNP oraz punkt OBUiAD. Budynek odpowiadający wymogom niezbędnym dla archiwum znaleziono dopiero w Wieliczce. W 2001 r. wielicka Rada Miejska przekazała na potrzeby krakowskiego Oddziału IPN zrujnowany zabytkowy, osiemnastowieczny Pałac Konopków, którego remont, połączony z budową magazynu o powierzchni 600 m2, trwał niemal dwa lata. W tym okresie przejmowane akta trafiały w związku z tym do oddziałowych magazynów w Rzeszowie. Dopiero po zakończeniu prac remontowo-budowlanych przy Pałacu Konopków przewieziono je do Krakowa i rozpoczęto udostępnianie. Determinacja i zdolności organizacyjne dyrektora sprawiły, że pomimo długiego czasu, kiedy zasób archiwalny znajdował się przeszło 150 kilometrów od siedziby krakowskiego Oddziału, wypełniał on w pełni powierzone mu ustawowo obowiązki.
Równolegle dyrektor organizował Delegaturę Oddziału w Kielcach, którą najpierw kierował sędzia Andrzej Jankowski, a następnie Leszek Bukowski. Ostatecznie jej siedzibą stał się budynek przy ul. Na Stadion 1, przy którym w kolejnych latach wybudowano magazyn akt, co umożliwiło przejęcie przez Delegaturę Kielecką z Oddziału IPN w Krakowie zasobu archiwalnego dotyczącego województwa świętokrzyskiego.
Janusz Kurtyka nie ograniczał się jedynie do administrowania powierzonym mu Oddziałem, ale aktywnie animował jego działania, wpływając na funkcjonowanie poszczególnych pionów, niekiedy w sposób odmienny, niż życzyłyby sobie tego władze warszawskiej centrali. Za najważniejsze zadanie kierowanego przez siebie Oddziału uznawał jak najszybsze przejęcie, uporządkowanie i udostępnienie zasobu źródłowego pozostałego po UB–SB – będącego dotąd poza zasięgiem badaczy. Narzucił niezwykle szybkie tempo przejmowania owych materiałów, a w działaniach tych mógł liczyć na wsparcie naczelnika OBUiAD Andrzeja Kulera – wyjątkowo skutecznego w przejmowaniu dokumentacji od różnych instytucji. Po zgromadzeniu zasobu aktowego (obejmującego w sumie około 5700 mb akt) i przeniesieniu go wkrótce do archiwum w Wieliczce, dyrektor uznał, że najpilniejszą rzeczą jest szybkie rozpoznanie przejętych materiałów i udostępnienie informacji o nich historykom. W krakowskim Oddziale IPN, jako pierwszym w kraju, zaczęto tworzyć elektroniczną bazę inwentarzową, którą udostępniono następnie w czytelni naukowcom spoza Instytutu – organizatorem tego procesu był kierownik Referatu Gromadzenia OBUiAD IPN w Krakowie, Jacek Kwilosz. Decyzją Janusza Kurtyki w proces inwentaryzacji przejętego zasobu włączono pracowników OBEP. Równocześnie dyrektor zabiegał o zapewnienie badaczom jak najszerszego dostępu do dokumentacji, a przy tym o przyspieszenie procedur związanych z nadawaniem statusu osoby pokrzywdzonej przez komunistyczny aparat represji. Zachowawczość ówczesnego naczelnika OBUiAD, który w przekonaniu dyrekcji spowalniał proces udostępniania dokumentacji, spowodowała zmiany na stanowiskach kierowniczych krakowskiego archiwum. W grudniu 2004 r. na okres przejściowy obowiązki naczelnika objął zastępca dyrektora BUiAD centrali IPN Leszek Postołowicz, a w kwietniu 2005 r. naczelnikiem OBUiAD został dotychczasowy kierownik Referatu Udostępniania – Rafał Dyrcz.
Obok właściwej organizacji archiwum Janusz Kurtyka za bardzo ważną kwestię uznawał sprawne funkcjonowanie Oddziałowego Biura Edukacji Publicznej. Dyrektor był zwolennikiem równomiernego rozwoju dwóch obszarów działalności: badań naukowych, których efekty w postaci edycji źródłowych czy opracowań monograficznych z natury rzeczy trudniej docierają do liczniejszego grona odbiorców, a także edukacji historycznej – kierującej w popularyzatorskiej formie ustalenia owych badań do możliwie szerokiego kręgu adresatów. Wizję tę realizował razem z naczelnikiem OBEP prof. R. Terleckim. Ich niezależność naukowa oraz przekonanie, że z publikowaniem efektów badań prowadzonych w Instytucie nie powinno się zwlekać, spowodowały, że Oddział krakowski jako pierwszy, a do 2006 r. jedyny w IPN, miał własną, niezależną od warszawskiej centrali serię wydawniczą. W jej ramach ukazywały się monografie, prace zbiorowe, wydawnictwa źródłowe. Do września 2005 r. w serii opublikowano piętnaście książek, a kolejne dwie wydano we współpracy z innymi instytucjami. W tym czasie OBEP zorganizowało osiem konferencji naukowych, pozwalających na dokładniejsze zaprezentowanie istotnych problemów badawczych powojennej historii zarówno regionu małopolskiego, jak i całego kraju, które dotąd, ze względu na ograniczenia w dostępie do źródeł, nie były rozpoznane w sposób odpowiedni. Część konferencji (m.in. „Krakowski proces II Zarządu Głównego WiN”, „O wolność obywatela i niezawisłość państwa”) była autorskim projektem Janusza Kurtyki. Zainspirował on również wydawanie przez centralę IPN słownika biograficznego działaczy niepodległościowych z lat 1944–1956 (Konspiracja i opór społeczny w Polsce 1944–1956. Słownik biograficzny, t. 1–4, Kraków–Warszawa–Wrocław 2002–2010),zostając przewodniczącym jego komitetu redakcyjnego. Duże znaczenie przywiązywał do zdobywania przez swoich podwładnych tytułów i stopni naukowych, starając się stwarzać warunki sprzyjające indywidualnym badaniom. W latach 2000–2005 sześciu pracowników Oddziału IPN w Krakowie obroniło prace doktorskie, a jeden z powodzeniem przeszedł przez procedurę habilitacyjną. Większość z rozpraw będących podstawą przyznania tytułów naukowych została następnie opublikowana w serii wydawniczej IPN. Aktywność wydawnicza była dla Janusza Kurtyki bardzo istotna. W latach 2000–2005 podlegli mu pracownicy Oddziału IPN w Krakowie opublikowali ponad 300 tekstów naukowych (monografii, edycji źródłowych, biogramów, recenzji itp.),a także przeszło 260 popularnonaukowych (głównie artykułów prasowych). Jedną z serii wydawniczych zainicjowanych przez niego, a następnie podjętych także przez inne oddziały Instytutu, stały się informatory o działalności oddziałowej – pierwszy ukazał się w Krakowie w grudniu 2003 r.
Janusz Kurtyka w pełni doceniał działalność edukacyjną i popularyzatorską, poszukując nowych możliwości przekazu oraz sposobów dotarcia do odbiorcy. Oddział IPN w Krakowie jako pierwszy w kraju zorganizował wystawę plenerową. Ogółem za jego kadencji w Krakowie powstało trzynaście wystaw, a czterem z nich towarzyszyły obszerne katalogi. Przekonanie, że świadomości społecznej zmanipulowanej przez niemal półwiecze komunistycznej indoktrynacji nie da się odmienić samą tylko działalnością naukową, skłaniało go do inspirowania aktywności popularyzatorskiej. Oddział krakowski jako pierwszy w kraju nawiązał stałą współpracę z wysokonakładowym dziennikiem. Od marca 2003 r. w „Dzienniku Polskim” (największej gazecie codziennej w Małopolsce) ukazują się regularnie (najczęściej w piątki) artykuły pracowników Oddziału IPN w Krakowie, we wspólnej kolumnie: „Krakowski Oddział IPN i »Dziennik Polski« przypominają”. Nawiązano także współpracę z „Gościem Niedzielnym” i „Tygodnikiem Powszechnym”, a także z rozgłośnią Radio Kraków Małopolska.
Dla dyrektora krakowskiego Oddziału IPN duże znaczenie miała współpraca podległej mu jednostki z organizacjami pozarządowymi, w tym kombatanckimi (m.in. z Fundacją Centrum Dokumentacji Czynu Niepodległościowego, Ośrodkiem Myśli Politycznej, Stowarzyszeniem Społeczno-Kombatanckim Zrzeszenie „Wolność i Niezawisłość”, Światowym Związkiem Żołnierzy Armii Krajowej, Towarzystwem Miłośników Historii, Towarzystwem Naukowym „Societas Vistulana”, Związkiem Młodocianych Więźniów Politycznych lat 1944–1956 „Jaworzniacy”, Związkiem Sybiraków Oddział w Krakowie, Związkiem Więźniów Politycznych Okresu Stalinowskiego). Dbał także o współpracę z uczelniami wyższymi: Uniwersytetem Jagiellońskim oraz Wyższą Szkołą Filozoficzno-Pedagogiczną „Ignatianum” w Krakowie, a w Kielcach z Akademią Świętokrzyską. Świadom ograniczeń wynikających z obsady etatowej OBEP doprowadził do nawiązania współpracy z Małopolskim Centrum Doskonalenia Nauczycieli w Krakowie oraz Ośrodkiem Doradztwa Metodycznego w Tarnowie – jej celem było organizowanie warsztatów dla nauczycieli, którzy w ten sposób mogli zapoznawać się z bieżącym stanem badań w zakresie historii najnowszej oraz z materiałami przygotowywanymi przez IPN w ramach tzw. tek edukacyjnych.
Samodzielność i bogata inwencja w organizowaniu różnorodnej działalności OBEP doprowadziły do konfliktu z dyrektorem BEP, dr. hab. Pawłem Machcewiczem, krytykującym niektóre inicjatywy podejmowane w Krakowie. Objęcie przez Janusza Kurtykę funkcji prezesa IPN na przełomie 2005 i 2006 r. wiązało się zatem z decyzją o odejściu ze stanowiska podjętą przez dotychczasowego szefa BEP, który w poprzednich latach starał się marginalizować pozycję krakowskiego dyrektora i zepchnąć go do funkcji pozbawionego kompetencji i możliwości prowadzenia działań merytorycznych w zakresie badań naukowych i edukacji historycznej administratora Oddziału.
W trakcie kadencji Janusza Kurtyki Oddziałowa Komisja Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Krakowie prowadziła 483 sprawy, z których zaledwie pięć zakończyło się sporządzeniem aktu oskarżenia, a trzy przyniosły wyrok skazujący. Dyrektor starał się zmienić profil działalności podległego mu pionu śledczego z aktywności w sprawach związanych ze zbrodniami nazistowskimi na zbrodnie komunistyczne. W odniesieniu do osiągnięć OKŚZpNP pozostawał sceptyczny, a nie dysponując narzędziami pozwalającymi na głębszy wpływ na jej pracę, poprzestawać musiał na próbach mobilizowania prokuratorów z krakowskiego Oddziału IPN do podejmowania dynamiczniejszych działań, a nie ograniczania się jedynie do mechanicznego przechodzenia kolejnych etapów postępowania karnego. Będąc świadomym ograniczeń prawnych, które często uniemożliwiały postawienie zarzutów komunistycznym zbrodniarzom, przykładał dużą wagę do współpracy pomiędzy naukowcami a prokuratorami. Miał nadzieję, że dzięki wymianie informacji pion śledczy zyska dodatkowe narzędzia w swoich działaniach, historycy zaś będą w stanie opisać dzieje represji, których prawnego ukarania nie należało oczekiwać.
Janusz Kurtyka był inicjatorem nadawania przez IPN Nagrody Kustosz Pamięci Narodowej im. Grzegorza Jakubowskiego (był to pierwszy, nagle zmarły, dyrektor BUiAD IPN),która została ustanowiona przez prezesa Instytutu prof. Leona Kieresa w lipcu 2002 r. Jest ona przyznawana za szczególnie aktywny udział w upamiętnianiu historii Narodu Polskiego w latach 1939–1989, jak również za działalność społeczną zbieżną z ustawowymi zadaniami IPN. Po raz pierwszy nagrody wręczono 8 XI 2002 r. w auli Polskiej Akademii Umiejętności w Krakowie, a od 2006 r. uroczystość wręczania przeniesiona została do Warszawy.
Pod koniec 2005 r., gdy dyrektor krakowskiego IPN podjął starania o objęcie funkcji prezesa Instytutu, kierowany przez niego Oddział zatrudniał 96 osób w Krakowie oraz osiem w Kielcach i na wielu obszarach był najsprawniej działającą jednostką IPN w kraju.
W konkursie na prezesa IPN, ogłoszonym po zakończeniu kadencji prof. Leona Kieresa, Janusz Kurtyka na ostatnim etapie wyborów jednym głosem pokonał kontrkandydata Janusza Krupskiego. 9 XII 2005 r. Sejm RP powołał go na nowe stanowisko, przy poparciu największych wówczas klubów parlamentarnych: Platformy Obywatelskiej oraz Prawa i Sprawiedliwości, a także przy akceptacji Polskiego Stronnictwa Ludowego – głosowało za nim 332 posłów. 22 grudnia wybór został potwierdzony przez Senat RP. Formalnie funkcję prezesa IPN Janusz Kurtyka objął 29 XII 2005 r., kiedy to złożył ślubowanie przed izbą niższą polskiego parlamentu.
Podczas konkursu dotkliwie odczuwał wymierzone w niego – i wciąż powtarzane – medialne kłamstwa, zarzucające mu przekazanie do publicznej wiadomości informacji o zarejestrowaniu Andrzeja Przewoźnika jako TW ps. „Łukasz”. W rzeczywistości odnośny dokument – czyli oświadczenie negatywnie zweryfikowanego funkcjonariusza SB kpr. Pawła Kosiby złożone 4 X 1990 r., już po rozwiązaniu bezpieki i utworzeniu UOP – pochodził z tzw. kolekcji Fijaka (tj. materiałów przekazanych Oddziałowi IPN w Krakowie jesienią 2000 r. przez Zbigniewa Fijaka, który w 1990 r. był przewodniczącym Komisji ds. Weryfikacji Funkcjonariuszy byłej SB w województwie krakowskim). Udostępniony zaś został do celów realizacji projektu badawczego prowadzonego przez Fundację Centrum Dokumentacji Czynu Niepodległościowego. Upublicznienia jego treści dokonał jeden z członków pięcioosobowego zespołu badawczego, który przekazał dziennikarzom kserokopię oświadczenia kpr. Kosiby.
Po objęciu funkcji prezesa IPN Janusz Kurtyka podjął intensywne zabiegi w celu zdynamizowania pracy wszystkich pionów merytorycznych Instytutu. Poza uporządkowaniem i wyznaczeniem nowych kierunków aktywności podległych sobie struktur starał się nawiązać ścisłą współpracę z zagranicznymi archiwami i ośrodkami badającymi historię najnowszą. Doprowadził do wymiany dokumentów oraz realizacji wspólnych projektów naukowych i wydawniczych. Podstawową współpracę prowadzono z instytucjami z Bułgarii, Czech, Izraela, Litwy, Rosji, Rumunii, Słowacji, Ukrainy, Wielkiej Brytanii i Stanów Zjednoczonych.
W styczniu 2006 r. kierowanie BUiAD IPN powierzył dr. Zbigniewowi Nawrockiemu. W czasie pierwszych pięciu lat działania Instytutu przejęto 80 kmb akt, co było największym tego typu przedsięwzięciem w dziejach polskiej archiwistyki. Nowy prezes nie zaprzestał działań związanych z dalszym powiększaniem zasobu archiwalnego (w 2006 r. przejęto około 5 kmb akt, a w następnych latach kolejne),jednak – w związku z przejęciem niemal całej dokumentacji, która zgodnie z obowiązującymi ustawami powinna znaleźć się w IPN – skoncentrował swe działania przede wszystkim na szerokim i szybkim udostępnianiu już zgromadzonej dokumentacji, a wcześniej usprawnieniu ewidencjonowania zasobu.
Już w pierwszych tygodniach 2006 r. nowy szef Instytutu dokonał zmian strukturalnych w BUiAD, z intencją polepszenia funkcjonowania tego pionu. Modyfikacje miały również pozwolić sprostać kolejnym wyzwaniom – digitalizacji zasobu archiwalnego oraz wdrożeniu systemu informatycznego ułatwiającego korzystanie ze zgromadzonych w IPN źródeł historycznych. Jednym z priorytetowych zadań stawianych przed BUiAD było stworzenie zintegrowanej bazy danych pozwalającej uzyskać informacje o teczkach przechowywanych w archiwach ipeenowskich w całej Polsce. Udostępnienie jej badaczom w czytelniach ułatwiło prowadzenie żmudnych, ale niezbędnych w pracy naukowej kwerend, a równocześnie przyspieszyło realizację ustawowych zadań IPN. Na zakończenie kadencji planował wydanie serii inwentarzy i przewodników opisujących zasób archiwum centralnego oraz biur oddziałowych IPN. Z dużą determinacją dążył do ograniczenia tzw. zbioru zastrzeżonego i wprowadzenia materiałów w nim przechowywanych do zasobu ogólnodostępnego. Działania te zakończyły się sukcesem. Sztucznie rozbudowany przez instytucje przekazujące – przy braku prób ograniczenia tego procederu przez pierwsze kierownictwo IPN – zbiór zastrzeżony został pomniejszony do rozmiarów minimalnych. Aktualnie zawiera on jedynie materiały o znaczeniu kluczowym dla bezpieczeństwa państwa. Szczególną aktywność wykazał w ujawnianiu dokumentacji wojskowych tajnych służb PRL. Doprowadził także do powołania w archiwum osobnej komórki zajmującej się badaniami i edycją źródeł.
Po objęciu funkcji prezesa IPN kierowanie BEP powierzył dr. hab. Janowi Żarynowi, którego w kwietniu 2009 r. zastąpił dr Łukasz Kamiński. Działalność BEP uległa istotnemu przewartościowaniu. Obok długofalowych projektów badawczych oraz przedsięwzięć edukacyjnych Biuro włączyło się aktywnie w organizowanie różnych uroczystości rocznicowych, nieraz niezwykle rozbudowanych i absorbujących. Mocniejsze tempo prac przyniosło większą liczbę wystaw i publikacji, a także konferencji, sesji naukowych, warsztatów dla nauczycieli, lekcji historii itp. W 2006 r. pracownicy IPN zorganizowali w sumie 42 konferencje naukowe i popularnonaukowe, przygotowali 39 wystaw, wydali 63 książki, 4 numery periodyków naukowych (po dwa „Aparatu Represji w Polsce Ludowej 1944–1989” oraz „Pamięci i Sprawiedliwości”),8 numerów (w tym 4 podwójne) „Biuletynu Instytutu Pamięci Narodowej”, 443 publikacje naukowe oraz 541 artykułów popularnonaukowych i publicystycznych. Już w kolejnym roku zauważalna stała się zmiana wynikająca z nowego trybu pracy narzuconego przez prezesa Janusza Kurtykę – zorganizowano 45 konferencji naukowych i popularnonaukowych, przygotowano 50 wystaw, wydano 119 książek, 2 numery periodyków naukowych („ARwPL” i „PiS”),8 numerów (w tym 4 podwójne) „BIPN”, 492 publikacje naukowe oraz 580 artykułów popularnonaukowych i publicystycznych. Zasługą prezesa było uruchomienie już w 2006 r. oddziałowych ścieżek wydawniczych (analogicznych do istniejącej od 2002 r. w Oddziale krakowskim). Efektem tego kroku był ewidentny przyrost publikacji zwartych o charakterze regionalnym (w serii centralnej ukazało się bowiem w 2007 r. 27 książek, podczas gdy oddziały wydały ich 92).
W 2008 r. IPN zorganizował 51 konferencji naukowych i popularnonaukowych, przygotował 49 wystaw, wydał 115 książek (44 w serii centralnej, 71 w seriach oddziałowych),20 informatorów i katalogów wystaw, 2 pakiety edukacyjne, 4 numery periodyków naukowych („ARwPL”, dwa numery „PiS” oraz „Przegląd Archiwalny Instytutu Pamięci Narodowej”),8 numerów (w tym 4 podwójne) „BIPN”, 598 publikacji naukowych oraz 627 artykułów popularnonaukowych i publicystycznych.
W 2009 r. zorganizowano 63 konferencje naukowe i popularnonaukowe oraz panele dyskusyjne, przygotowano 51 wystaw, wydano 155 książek (59 w serii centralnej, 96 w seriach oddziałowych),24 informatory i katalogi wystaw, 3 numery periodyków naukowych („ARwPL”, „PiS” i „Przegląd Archiwalny Instytutu Pamięci Narodowej”),8 numerów (w tym 4 podwójne) „BIPN”, 650 publikacji naukowych oraz 650 artykułów popularnonaukowych i publicystycznych.
Bilans 2010 r. wciąż pozostaje otwarty, bowiem nadal realizowane są przedsięwzięcia, których bezpośrednim inicjatorem był niejednokrotnie prezes IPN.
Janusz Kurtyka często osobiście ingerował w prace BEP, zachęcając do podejmowania tematów trudnych, które wzbudzały społeczne emocje czy kontrowersje. W bezkompromisowym dążeniu do prawdy nie poddawał się politycznym naciskom i nie ulegał kierowanym pod adresem IPN groźbom (których najwięcej pojawiło się przed i po opublikowaniu książki Sławomira Cenckiewicza i Piotra Gontarczyka SB a Lech Wałęsa. Przyczynek do biografii),nie pozwalał, by polityczna poprawność ograniczała niezależność Instytutu i krępowała wolność prowadzenia pracy naukowej. Osobiście przyczynił się do rozwinięcia wspólnych polsko-ukraińskich badań nad relacjami pomiędzy obu narodami w XX w. Dzięki jego zaangażowaniu realizowany przez Ośrodek KARTA projekt „Indeks represjonowanych” zyskał stabilne źródła finansowania. Doprowadził także do udostępnienia na stronie internetowej IPN elektronicznej wersji wydawanej przez PAN Bibliografii Historii Polskiej.
Janusz Kurtyka za najważniejsze swe zadanie na stanowisku prezesa IPN uznawał poszukiwanie nowych form przekazu wiedzy historycznej i skutecznych sposobów zachęcenia Polaków do poznawania najnowszych dziejów swojej ojczyzny. Przy realizacji tych planów wykorzystywał m.in. zespół Sekretariatu Prezesa IPN, kierowany przez Dorotę Koczwańską-Kalitę. Zgodnie z koncepcją obojga, to Wydział Informacji i Komunikacji Społecznej IPN miał poszukiwać nowatorskich metod popularyzowania dziejów Polski w XX w. Efektem tej działalności, prowadzonej we współpracy z pionami merytorycznymi IPN, było m.in. stworzenie portali tematycznych poświęconych wydarzeniom Czerwca ‘56, Marca ‘68, przemianom 1989 r., rocznicy wybuchu II wojny światowej, kulturze niezależnej w PRL, „Solidarności”, zbrodni stanu wojennego, a także bohaterom polskiej historii najnowszej: rtm. Witoldowi Pileckiemu, Stefanowi Korbońskiemu, ks. Jerzemu Popiełuszce. Osobny portal prezentuje ustalenia dokonane w ramach projektu badawczego „Śladami zbrodni”, dokumentującego miejsca związane z działalnością komunistycznego aparatu represji. Razem z Narodowym Centrum Kultury utworzono portal „Życie za życie” – o Polakach ratujących Żydów podczas okupacji niemieckiej. IPN zaistniał także na portalu społecznościowym Facebook, w latach 2009–2010 uczestniczył w akcji „Noc muzeów”, przygotowywał gry edukacyjne dla młodzieży i pokazy filmowe, wydawał liczne ulotki i broszury edukacyjne, organizował akcje billboardowe z okazji ważnych rocznic historycznych.
Za sprawą prezesa zacieśniła się współpraca z mediami. Obok tekstów pisanych przez poszczególnych badaczy Instytut zaczął opracowywać dodatki historyczne do gazet – ukazywały się one z najważniejszymi dziennikami i tygodnikami, m.in. z „Gościem Niedzielnym”, „Naszym Dziennikiem”, „Rzeczpospolitą”, „Tygodnikiem Powszechnym”.
Janusz Kurtyka starał się wspierać młodych historyków, a formą pomocy w ich karierze naukowej stało się ustanowienie wraz z Instytutem Historii PAN i ogłoszenie po raz pierwszy w 2007 r. konkursu na Debiut Historyczny Roku im. Władysława Pobóg-Malinowskiego. Wyróżniane są w nim najlepsze prace magisterskie i doktorskie traktujące o historii najnowszej Polski. Sposobem promocji najciekawszych publikacji odzwierciedlających ustawowe zadania IPN stał się z kolei ogłoszony po raz pierwszy w 2007 r. (wraz z Polskim Radiem i Telewizją Polską) konkurs na Książkę Historyczną Roku im. Oskara Haleckiego. Nagrody przyznawane są w nim w dwóch kategoriach: najlepsza książka naukowa opisująca losy Polski i Polaków w XX w. oraz najlepsza książka popularnonaukowa poświęcona historii Polski w XX w.
Wpływ Janusza Kurtyki na działalność Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu IPN był – ze względów ustawowych – ograniczony. Niemniej podjął on starania zmierzające do modyfikacji pracy pionu prokuratorskiego, którą uznawał za mało wydajną. Punktem zwrotnym w działaniach Komisji stało się wyznaczenie przez premiera Jarosława Kaczyńskiego w lutym 2007 r. prokuratora Dariusza Gabrela na szefa pionu śledczego. Od chwili odwołania w październiku 2006 r. ze stanowiska dyrektora Komisji prof. Witolda Kuleszy funkcja ta wakowała, a obowiązki jej szefa wykonywał prokurator Antoni Kura. Także w 2007 r., w celu zdynamizowania najważniejszych spraw, powołano zespoły śledcze złożone z kilku prokuratorów. Prezes Instytutu dążył do zmiany struktury śledztw poprzez zwiększenie nacisku na postępowania związane ze zbrodniami komunistycznymi popełnionymi po 1956 r., co zwiększałoby prawdopodobieństwo ukarania ich sprawców.
Przełomowym dla działalności IPN był rok 2007. Z inicjatywy prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego przeprowadzono wówczas nowelizację ustawy o IPN, skutkującą daleko idącymi zmianami organizacyjnymi. Janusz Kurtyka był przeciwny nowym rozwiązaniom, zakładającym powołanie Biura Lustracyjnego, opowiadał się za tą formą lustracji, która została co prawda uchwalona przez parlament, ale po zawetowaniu przez prezydenta nie weszła w życie. Na Instytut nałożony został obowiązek przeprowadzenia procesu lustracji. W związku z nowymi zadaniami powstało Biuro Lustracyjne, którego dyrektorem został prokurator Jacek Wygoda (powołany przez premiera Jarosława Kaczyńskiego na wniosek Prokuratora Generalnego, złożony w porozumieniu z prezesem IPN). Janusz Kurtyka postrzegał działalność prokuratorów IPN z pionu śledczego i lustracyjnego jako służącą budowie nowoczesnego i sprawiedliwego państwa. Wierzył, że jego istnienie jest możliwe tylko wówczas, gdy zbrodnie komunistycznego totalitaryzmu zostaną nie tylko rozpoznane i opisane, ale także ukarane – choćby symbolicznie.
Wraz z dr. M. Korkuciem opracował projekt walki z symbolicznym czczeniem ideologii i działaczy komunistycznych. Powołał w IPN zespół do spraw ujawniania form publicznej gloryfikacji systemów totalitarnych, którego przewodniczącym został M. Korkuć. Od 2007 r. zespół przygotowywał pisma-apele kierowane do samorządów, zawierające szczegółowe noty dotyczące patronów ulic, placów, obiektów publicznych, a także pomników będących wyrazem czci dla systemu komunistycznego. W związku z zamazywaniem i zakłamywaniem odpowiedzialności za zbrodnie okresu II wojny światowej do wszystkich wójtów, burmistrzów i prezydentów miast w Polsce przesłano także apel, aby na nowych pomnikach i tablicach, a także na tych, które poddawane będą renowacji, zamiast określenia hitlerowcy pojawiła się nazwa Niemcy.
W 2010 r. kierowany przez Janusza Kurtykę Instytut zatrudniał około 2000 osób w całym kraju. Stał się jedną z najważniejszych instytucji polskiego życia publicznego – niezależną od partyjnych gier, co wzbudzało niechęć części politycznego establishmentu do stojącego na jej czele prezesa. W latach 2006–2010 najbliższymi współpracownikami Janusza Kurtyki, wspierającymi go w kierowaniu IPN, byli: Andrzej Arseniuk (rzecznik prasowy w latach 2006–2007, później także zastępca dyrektora Sekretariatu Prezesa IPN),Jan Baster (w latach 2006–2007 dyrektor Sekretariatu Prezesa IPN, następnie dyrektor generalny IPN),D. Koczwańska-Kalita (początkowo naczelnik Wydziału Informacji i Komunikacji Społecznej IPN, później – w latach 2006–2007 – zastępca dyrektora, a od 2007 r. dyrektor Sekretariatu Prezesa IPN),Mateusz Szpytma (w latach 2006–2007 asystent prezesa, a do końca 2008 r. zastępca dyrektora Sekretariatu Prezesa IPN),a ponadto dyrektorzy pionów merytorycznych: prokurator D. Gabrel (dyrektor Głównej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu),dr Z. Nawrocki (dyrektor Biura Udostępniania i Archiwizacji Dokumentów IPN),prokurator J. Wygoda (dyrektor Biura Lustracyjnego IPN),dr hab. J. Żaryn (dyrektor Biura Edukacji Publicznej w latach 2006–2009),którego zastąpił dr Ł. Kamiński.
W latach 2009–2010 Janusz Kurtyka był nauczycielem akademickim w Wyższej Szkole Filozoficzno-Pedagogicznej „Ignatianum” w Krakowie, gdzie prowadził wykład „Historia ustroju Polski”.
Był członkiem Polskiego Towarzystwa Historycznego, Polskiego Towarzystwa Heraldycznego oraz Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Przemyślu.
Za osiągnięcia naukowe wyróżniano go kilkakrotnie. Otrzymał m.in.: Nagrodę im. Adama Heymowskiego (1996),przyznawaną przez Polskie Towarzystwo Heraldyczne, oraz II nagrodę w Konkursie im. Klemensa Szaniawskiego (1998),przyznawaną przez Towarzystwo Popierania i Krzewienia Nauk w Warszawie – obie za rozprawę Tęczyńscy. Studium z dziejów polskiej elity możnowładczej w średniowieczu, a także Nagrodę im. Joachima Lelewela (2000). Redagowane przez niego „Zeszyty Historyczne WiN-u” otrzymały za ocalenie od zapomnienia heroicznego wysiłku najlepszych Polaków walczących o wolność i niezawisłość Polski w tragicznych latach 1945–1956 Nagrodę im. Jerzego Łojka (2001),przyznawaną przez Fundację im. Jerzego Łojka przy Instytucie Józefa Piłsudskiego w Nowym Jorku. 9 VI 2010 r. został uhonorowany pośmiertnie Nagrodą Kustosz Pamięci Narodowej.
W latach 1989–2000 był przewodniczącym Koła nr 10 (Instytutu Historii) Komisji Zakładowej NSZZ „Solidarność” przy Oddziale i Placówkach PAN w Krakowie. Od 1990 r. był członkiem Partii Republikańskiej, od 1991 r. Koalicji Republikańskiej, a po jej rozpadzie działał od 1992 r. w Partii Chrześcijańskich Demokratów. W 1993 r. bez powodzenia startował w wyborach do Sejmu RP z listy Katolickiego Komitetu Wyborczego „Ojczyzna”. Mając 21. miejsce na liście w okręgu obejmującym województwo krakowskie, uzyskał 235 głosów. Działalność partyjną zakończył w Stronnictwie Konserwatywno-Ludowym, z którego wystąpił po odebraniu nominacji na dyrektora Oddziału IPN w Krakowie. Od 2008 r. był członkiem Stowarzyszenia „NZS 1980”.
Odznaczony Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (7 IV 2009 r.),a pośmiertnie Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski (19 IV 2010 r.).
Zginął 10 IV 2010 r. pod Smoleńskiem, w katastrofie samolotu prezydenckiego wiozącego polską delegację na obchody 70. rocznicy Zbrodni Katyńskiej.
Miał zostać pochowany w krypcie kościoła p.w. św.św. Piotra i Pawła przy ul. Grodzkiej w Krakowie. Na dwa dni przed pogrzebem decyzja ta została zmieniona przez władze kościelne. Pochówek został uniemożliwiony poprzez nacisk ze strony Fundacji „Panteon Narodowy”, która w kwietniu 2010 r. nie miała nawet prawa zagospodarowania krypt pod kościołem – umowa w tej sprawie została podpisana z parafią we wrześniu 2010 r. W uniemożliwienie pochówku Janusza Kurtyki w tym miejscu szczególnie zaangażował się Przewodniczący Rady Fundacji prof. Franciszek Ziejka.
23 IV 2010 r. został pochowany w alei Zasłużonych na krakowskim cmentarzu Rakowickim. Mszę żałobną odprawił w kościele p.w. św.św. Piotra i Pawła przy ul. Grodzkiej metropolita krakowski kard. Stanisław Dziwisz, a koncelebrowali ją m.in. kard. Franciszek Macharski i bp Jan Guzdek. Po mszy zmarłego wspominali: Paweł Kurtyka (syn),wicemarszałek Senatu RP dr Zbigniew Romaszewski, minister kultury i dziedzictwa narodowego [?] Bogdan Zdrojewski, przewodniczący NSZZ „Solidarność” Janusz Śniadek, wiceprezes IPN dr Franciszek Gryciuk, dyrektor Sekretariatu Prezesa IPN D. Koczwańska-Kalita. List od prezesa Prawa i Sprawiedliwości dr Jarosława Kaczyńskiego odczytał poseł PiS prof. R. Terlecki. Na cmentarzu Rakowickim w imieniu weteranów walk o niepodległość Rzeczypospolitej mowę pożegnalną wygłosił gen. M. Huchla, a w imieniu Stowarzyszenia „NZS 1980” jego prezes Zdzisław Jurkowski.
13 VIII 2010 r. wdowa po Januszu Kurtyce Zuzanna oraz p.o. prezesa IPN dr F. Gryciuk odsłonili poświęconą mu tablicę pamiątkową w Pałacu Konopków w Wieliczce. Kolejna – na budynku IPN przy ul. Towarowej w Warszawie – została odsłonięta 8 X 2010 r. w czasie obchodów 10-lecia istnienia Instytutu Pamięci Narodowej. Tego samego dnia Centrum Edukacyjne IPN Przystanek Historia przy ul. Marszałkowskiej 21/25 w Warszawie otrzymało imię Janusza Kurtyki.
W 1983 r. poślubił Zuzannę Wypasek (ur. 1961; lekarz medycyny, specjalność pediatria i pulmonologia, w 2010 r. zatrudniona w szpitalu św. Ludwika w Krakowie). Ojciec dwóch synów: Pawła (ur. 1989; w 2010 r. student II roku archeologii na Wydziale Historycznym UJ) i Krzysztofa (ur. 1999; w 2010 r. uczeń Społecznej Szkoły Podstawowej nr 1 im. Józefa Piłsudskiego w Krakowie).
Brat – Andrzej (ur. 1968),dr filologii angielskiej, jest pracownikiem naukowym Uniwersytetu Jagiellońskiego, autorem podręczników do nauki języka angielskiego.
Filip Musiał
Źródło: „Zeszyty Historyczne WiN-u”, nr 32–33: Historia i pamięć. Księga dedykowana Januszowi Kurtyce, rok XIX, grudzień 2010