Fatima, Portugalia, 1917 rok
Matka Boska objawia się trójce pastuszków i przekazuje im trzy tajemnice. Dwie z nich Kościół wkrótce ujawnia całemu światu. Trzecią tajemnicę, spisaną i ukrytą w Tajnym Archiwum, poznają jedynie kolejni papieże. Dopiero w 2000 roku Jan Paweł II przekazuje całemu światu jej treść, która wielu wiernym wydaje się niejednoznaczna. Rodzi się pytanie, czy Kościół prawidłowo zinterpretował wszystkie słowa Matki Bożej.
Watykan, dzień dzisiejszy
Monsiniore Colin Michener, osobisty sekretarz papieża, niepokoi się stanem jego zdrowia. Wie, że dręczą go sprawy powiązane z fatimskimi objawieniami. Nie wie natomiast, że watykański sekretarz stanu, kardynał Alberto Valendrea, bezwzględny hierarcha, który za wszelką cenę pragnie zostać głową Kościoła, od wielu lat ukrywa szokującą prawdę, która teraz może wyjść na jaw.
Papież Klemens wysyła Michenera do Rumunii w poszukiwaniu sędziwego księdza, Ojca Tibora, który jest ostatnim człowiekiem na Ziemi wtajemniczonym w fatimską zagadkę. Odtąd musi borykać się z problemami całkowicie obcymi przeciętnemu kapłanowi – musi wytropić mordercę, oczyścić się z zarzutu zakazanego związku z kobietą i odbudować swą wiarę w nieomylność papieża. Trafia do Bośni, a w końcu do Niemiec, do rodzinnego miasta Klemensa. Tam poznaje nie tylko wstrząsającą prawdę o swoim mentorze, lecz także dowiaduje się, że trzecia tajemnica może zmienić losy Kościoła – losy, które nagle znalazły się w jego rękach.